Cancer Research雜志發(fā)表的一項新研究，鑒定了四百多個癌癥基因組測序中的“盲點”，這些沒有充分測序的區(qū)域隱藏有致癌性的基因突變。

二代測序的迅猛發(fā)展，為整個生命科學(xué)領(lǐng)域帶來了一場革命。如今，癌癥基因組測序已經(jīng)鑒定了大量的驅(qū)動突變，為癌癥研究和癌癥治療提供了寶貴的信息。

然而，測序技術(shù)也有難以解讀的基因組區(qū)域。曼徹斯特大學(xué)癌癥研究所的研究團隊，希望通過發(fā)掘這些盲點進一步解析突變對癌癥的影響，以便能夠更早檢測和診斷癌癥，開發(fā)出更好的治療策略。

“癌癥的遺傳學(xué)背就像是一本書，我們的測序技術(shù)能夠讀取書中絕大部分的內(nèi)容，但還是有一些頁面被遺漏了，”文章的第一作者Andrew Hudson說。“這些章節(jié)可能是無關(guān)緊要的，也可能含有重要線索改變我們對整本書的理解。我們只有想辦法開啟這些頁面，才能對癌癥有一個全面的認識。”

CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）和COSMIC（Catalogue of Somatic Mutations in Cancer）是兩個目前最主要的癌癥基因組測序數(shù)據(jù)庫。研究人員比較了這兩數(shù)據(jù)庫，發(fā)現(xiàn)同一個細胞系里的錯義突變存在著顯著的差異。這個問題的主要原因是，外顯子組中GC含量高的區(qū)域沒有得到充分測序。

研究人員根據(jù)已知的癌癥基因，鑒定了四百多個始終沒有充分測序的區(qū)域（cold-spot），并將它們稱為癌癥基因組測序的盲點。這些盲點位于高度重復(fù)的DNA區(qū)域，測序在這里很容易卡殼。這種技術(shù)缺陷很可能遺漏在癌癥中起到重要作用的突變。

研究人員指出，特異性靶標和測序富含GC的cold-spot，可以在已知的腫瘤抑制子和癌基因中找到新的驅(qū)動突變。他們通過新鑒定的PAK4突變證實了這一點。

文章強調(diào)，全面評估常用細胞系中的基因組突變，需要比對不同的基因組數(shù)據(jù)庫。另外，癌癥的外顯子組測序存在盲點，人們可以在這些區(qū)域鑒定到新的驅(qū)動突變。