外顯子組測序并不一定帶來正確的診斷
日期:2015-03-31 09:01:29
美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)學(xué)會(ACMG)的臨床遺傳學(xué)年會于3月24-28日在美國鹽湖城舉行。埃默里遺傳學(xué)實驗室的研究人員在會議上表示,外顯子組測序數(shù)據(jù)的初步分析并不一定能帶來正確的診斷,需要再次檢查。
埃默里大學(xué)醫(yī)學(xué)院的教授、遺傳實驗室的主管Madhuri Hegde在她的報告中舉了兩個病例,說明研究人員在初步分析中如何誤入歧途,但最終通過使用不同的檢測方法,或利用不同的樣品重復(fù)外顯子組檢測,找到了真正的致病突變。她認為,外顯子組數(shù)據(jù)的再次分析和重新解釋能夠提高外顯子組測序的診斷率。
Hegde介紹的第一個病例是一名12歲的女孩。她具有視網(wǎng)膜營養(yǎng)不良、認知功能受損以及其他癥狀,并在埃默里遺傳實驗室接受了外顯子組測序。數(shù)據(jù)表明,其ARID1B基因的第3外顯子可能含有一個致病變異,而此基因的其他致病突變之前也有報道。
然而,研究人員后來發(fā)現(xiàn),患者的母親也攜帶同樣的變異,但沒有類似的癥狀。進而發(fā)現(xiàn),臨床實驗室用于解釋的ARID1B基因可能是不正確的。隨后,他們通過芯片檢測,發(fā)現(xiàn)了CLN3基因的第7和8外顯子存在缺失,而再回頭看外顯子組數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)這些外顯子區(qū)域的覆蓋度不佳。
Hegde介紹的第二個病例是一名11歲的男孩,具有發(fā)育遲緩、腦積水等癥狀。外顯子組測序發(fā)現(xiàn)了其L1CAM基因中有一個意義不明的變異,據(jù)報道這個變異可能引起了另一名患者的疾病,而在普通人群中未發(fā)現(xiàn)。
不過,突變并沒有解釋所有的臨床癥狀,而研究人員懷疑這名患者可能鑲嵌了另一個突變,于是他們繼續(xù)對皮膚活檢樣本進行外顯子組測序。結(jié)果,他們真的在部分皮膚樣品中發(fā)現(xiàn)了PIK3CA基因的致病突變。原先的樣本來自血液,故外顯子組測序并沒有發(fā)現(xiàn)這一突變。
Hegde認為,盡管在這兩個病例中,原先的外顯子組測序并沒有帶來正確的答案,但對于其他病例,外顯子組數(shù)據(jù)的再次分析可能有助于正確的診斷,因為新的致病變異正不斷發(fā)表。她的實驗室每個月都重新分析所有的外顯子組病例,檢查最新發(fā)表的致病變異,或者應(yīng)醫(yī)生要求,根據(jù)新的證據(jù)重新評估某些變異。
她認為,對于這些重新分析,臨床團隊和分析團隊之間的互動“是非常重要的”。
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