生物標志物，可讓研究人員根據(jù)相對非侵入性的血液檢測，對疾病進行診斷和分期，目前已經(jīng)確定了幾種類型癌癥生物標志物，但對于大多數(shù)癌癥來說，仍然是難以捉摸的。延伸閱讀：打開癌癥生物標志物的潘多拉之盒。

現(xiàn)在，日本理化學研究所（RIKEN）生命科學技術(shù)中心（CLST）和澳大利亞Harry Perkins醫(yī)學研究所的研究人員，發(fā)現(xiàn)了很多個基因，它們在許多不同類型的癌癥中是上調(diào)的，從而為開發(fā)生物標志物檢測、早期發(fā)現(xiàn)癌癥進而及時治療，提供了機會。

這項研究發(fā)表于十一月九日的《Cancer Research》，使用了兩種不同的技術(shù)。第一，研究小組分析了CAGE技術(shù)（RIKEN開發(fā)，是FANTOM項目的一部分）產(chǎn)生的數(shù)據(jù)。他們檢測了225個癌細胞系和339個正常細胞的RNA表達情況，并尋找基因表達的差異。然后，他們通過分析來自4055份原發(fā)腫瘤和563份健康組織的RNA測序數(shù)據(jù)（來自TCGA數(shù)據(jù)庫），進行了補充，并將兩者進行交叉，以識別兩個數(shù)據(jù)庫中發(fā)現(xiàn)的變化。

本文第一作者、CLST的Bogumil Kaczkowski解釋說：“使用兩個不同的數(shù)據(jù)集，可讓我們能夠充分利用各自的優(yōu)勢。TCGA數(shù)據(jù)是復雜的，因為腫瘤樣品是由不同的細胞混合組成的，而FANTOM5 CAGE數(shù)據(jù)來自于細胞培養(yǎng)中的細胞生長，培養(yǎng)過程中可能會出現(xiàn)變化。通過把兩者放在一起，并尋找存在于兩者當中的變化，我們能夠編制一個強大的目錄。”

基于這項工作，研究人員確定了128個標記，它們在兩個數(shù)據(jù)庫的各種腫瘤類型中是變化一致的。其中有一些，如TOP2A和MKI67，眾所周知可作為潛在的生物標志物。但是得益于FANTOM5的數(shù)據(jù)，他們也能找到了一些新的標記，包括非編碼RNA，來自重復序列和增強子元件（CAGE技術(shù)可以識別）的RNA。特別是，他們發(fā)現(xiàn)，一個鮮為人知的重復單元——稱為REP522，在許多癌癥中是上調(diào)的。

FANTOM5財團的負責人、本文共同作者Piero Carninci介紹說：“這項研究表明，我們的CAGE (Cap-Analysis Gene Expression)技術(shù)，是在啟動子水平上發(fā)現(xiàn)腫瘤標志物的有力工具。我們發(fā)現(xiàn)了幾百個啟動子——基因組中啟動基因表達的部分，它們在癌癥中是上調(diào)的，特別是，與基因組中重復序列重疊的啟動子，似乎是上調(diào)的。這是癌癥發(fā)展的一個有趣的見解。我們對REP522序列特別感興趣，并想確定它扮演的是什么角色。”

Carninci繼續(xù)說，“我們用基礎(chǔ)科學方法來映射和理解基因組的調(diào)控元件，并轉(zhuǎn)化為幫助早期診斷癌癥的發(fā)現(xiàn)，這是很讓人欣慰的。我們希望，研究人員將使用我們的研究結(jié)果，來確定許多癌癥類型的標記，它們目前沒有有用的標記。它也可能靶定我們已經(jīng)確定為潛在藥物靶標的基因。這些靶標可能有助于許多癌癥患者，因為它們是在許多不同類型的腫瘤中是上調(diào)的。”