最近，來自美國西奈山伊坎醫(yī)學院的科學家，開發(fā)和公布了兩種新的數(shù)據(jù)分析軟件，可以幫助研究人員以更高的效率和精確度，識別疾病的遺傳觸發(fā)因子。這些新的分析工具分別發(fā)表在11月30日的《PLoS Computational Biology》和11月25日的《Scientific Reports》。延伸閱讀：復雜、大型的基因組分析將更簡單。

MEGENA（Multiscale Embedded Gene Co-expression Network Analysis）將基因表達數(shù)據(jù)投射到一個三維球面上，從而讓科學家在復雜的網(wǎng)絡（具有某些疾病特性，如癌癥、肥胖病和老年癡呆癥）中研究層次組織模式。研究人員在來自Cancer Genome Atlas（TCGA）的數(shù)據(jù)上進行了檢測，發(fā)現(xiàn)MEGENA可確定乳腺癌和肺癌中的新調(diào)控靶標，超越了其他共表達分析的方法。

第二種工具——SuperExactTest，建立了第一個理論框架，用于評估多套交集，并使用戶能夠比較非常大的數(shù)據(jù)集，如從全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）和差異表達分析產(chǎn)生的基因集合?？茖W家們在現(xiàn)有的TCGA和GWAS數(shù)據(jù)上運行了SuperExactTest，從而確定了一套核心的癌癥基因，并檢測了復雜疾病之間的相關(guān)模式。

這兩種工具都來自于西奈山伊坎醫(yī)學院遺傳學和基因組科學系副教授張斌（Bin Zhang）帶領(lǐng)的多尺度網(wǎng)絡建模實驗室。這兩篇論文的資深作者張斌博士說：“這些工具滿足了基因組學中重要但未得到滿足的需求。MEGENA將幫助科學家們具體化復雜疾病中的新途徑和關(guān)鍵靶標，而SuperExactTest則通過比較大量的基因簽名，為基因組提供更為清晰的見解。”

西奈山伊坎醫(yī)學院基因組學教授、伊坎基因組學和多尺度生物學研究所主任Eric Schadt博士說：“我們的研究團隊，致力于打造高性能的分析工具，并與更廣泛的基因組研究機構(gòu)共享這些資源，以幫助我們產(chǎn)生盡可能最好的結(jié)果。這些新的工具，為世界各地科學家所面對的計算挑戰(zhàn)，展示了周到而富創(chuàng)造性的解決方案，我期待看到，科學家用它們完成更多研究。”

在張斌博士的網(wǎng)站和CRAN（Comprehensive R Archive Network），一個開源軟件庫，MEGENA和SuperExactTest是作為R程序包可用的。