最近，英國諾丁漢大學(xué)的科學(xué)家們首次證明，我們有可能實(shí)時地、有選擇性地測定DNA序列片段，從而大大減少了分析生物樣品所需的時間。

在Nature子刊《Nature Methods》上發(fā)表的一篇論文，描述了一種新的技術(shù)，可高度選擇性的進(jìn)行DNA測序，這種技術(shù)被稱為“Read Until”。這種方法與實(shí)時的納米孔測序聯(lián)合使用，使得用戶能夠分析“含有預(yù)設(shè)的目標(biāo)標(biāo)簽”的DNA鏈。

諾丁漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院細(xì)胞與發(fā)育生物學(xué)研究組的Matt Loose博士，采用一種新的便攜式DNA測序技術(shù)——由生物科技公司Oxford Nanopore Technologies研發(fā)。所有的測序都是在諾丁漢大學(xué)的新一代測序裝置DeepSeq上進(jìn)行的。

Loose博士說：“這是第一次展示，在任何設(shè)備上直接選擇特定的DNA分子。我們希望，它將使未來的許多新應(yīng)用成為可能，特別是便攜式測序。這使得測序變得盡可能高效，并將提供一種可行的、基于信息的方法，來替代傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)室富集技術(shù)。這種方法可以應(yīng)用到一系列廣泛的問題中，從病原體檢測到人類基因組靶向區(qū)域測序，現(xiàn)在都是可用實(shí)現(xiàn)的。”

這種口袋大小的MinION裝置——NASA最近為國際空間站送去了相同的技術(shù)以探討失重狀態(tài)下是否可以進(jìn)行DNA測序，采用小分子膜孔來“感覺”通過這些孔的DNA片段序列，從而在current trace中產(chǎn)生微小的波動。這些current trace稱為“squiggles”，然后需要使用base caller軟件被轉(zhuǎn)換為DNA堿基，通常位于云。諾丁漢大學(xué)的研究小組使用信號處理技術(shù)，通過這個步驟，將這些squiggles映射到參考序列。

在本文中，諾丁漢大學(xué)的研究團(tuán)隊更近了一步，顯示這種squiggle匹配技術(shù)可以運(yùn)行的速率，能夠讓我們在DNA片段通過納米孔之前，對正在測序的DNA片段做出決定。根據(jù)不同的序列，MinION中的個別納米孔可以被指示繼續(xù)測定或彈出當(dāng)前的DNA片段，并開始測定另一段序列。諾丁漢大學(xué)的研究小組表明，這種“實(shí)時選擇性測序”，或被一些人稱之為“DNA tasting”，可以減少測定關(guān)鍵DNA序列所需的時間，或者使我們能夠分析與宿主和其他DNA共存的病原體樣品。

Read Until方法/技術(shù)是通過運(yùn)用動態(tài)時間規(guī)整而發(fā)展的，以將短的query current traces與參考序列匹配，從而展示了小基因組特定區(qū)域的選擇性，來自一組靶標(biāo)的單個擴(kuò)增子，或一個集合中擴(kuò)增產(chǎn)物的正?；?。

近期也相繼有新的測序技術(shù)發(fā)布，例如，2016年1月，由來自德國、奧地利和美國的研究人員組成的一個研究小組發(fā)現(xiàn)，采用一種允許在感染過程中同時研究細(xì)菌與宿主小RNA的新技術(shù)，可以揭示出兩者轉(zhuǎn)錄譜的改變。在發(fā)表于《自然》（Nature）雜志上的研究論文中，這一研究小組描繪了他們的技術(shù)，為什么這一技術(shù)對于更多地了解細(xì)菌感染機(jī)制非常有用，以及在研究中獲得重要發(fā)現(xiàn)。相關(guān)閱讀：Nature發(fā)布突破性雙RNA測序技術(shù)。

2016年2月，來自北京大學(xué)、首都醫(yī)科大學(xué)的研究人員報告稱，他們開發(fā)出了一種創(chuàng)新性的單細(xì)胞三重組學(xué)測序（triple omics sequencing）技術(shù)：scTrio-seq，并利用它揭示出了肝細(xì)胞癌中的遺傳、表觀遺傳及轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性。這一重要的研究發(fā)布在《Cell Research》雜志上。

2016年4月，哥倫比亞大學(xué)的車靖岳（Jingyue Ju）和哈佛大學(xué)的George Church教授合作開發(fā)了基于納米孔的單分子邊合成邊測序（SBS）系統(tǒng)。最近他們對這一測序技術(shù)進(jìn)行升級，打造了高通量的單分子納米孔測序平臺。這一重要成果發(fā)表在美國國家科學(xué)院院刊PNAS雜志上。