去年秋天，千人基因組計(jì)劃(1000 Genomes Project)揭示了人類基因組中8800萬(wàn)個(gè)突變，但科學(xué)家們并不清楚其中大部分突變對(duì)于人體健康的意義。而且遺傳變異與疾病之間的已知關(guān)聯(lián)，其實(shí)很多也并不明確?？茖W(xué)家們?nèi)绾文軠?zhǔn)確確定哪些基因或遺傳變異是真正有害的呢？

ClinVar 是一個(gè)公開的數(shù)據(jù)庫(kù)，其中收集了與疾病相關(guān)的遺傳變異。這一數(shù)據(jù)庫(kù)由美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院2013年為了生物技術(shù)信息開發(fā)而構(gòu)建，來(lái)自美國(guó)聯(lián)盟醫(yī)療體系（Partners Healthcare ）的臨床遺傳學(xué)家Heidi Rehm表示，到目前為止，已經(jīng)從研究人員和其它數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得了包含超過125,000份獨(dú)特突變的臨床注釋。

ClinVar 將基因突變對(duì)健康影響的多方面性質(zhì)都考慮在內(nèi)了，比如對(duì)于一個(gè)突變，這個(gè)研究組說它是良性，但另外一個(gè)研究組又認(rèn)為它其實(shí)性質(zhì)更加嚴(yán)重。而且 ClinVar 也有自己的分類，“可能致病性（likely pathogenic）”就是一種更清楚的定義和標(biāo)準(zhǔn)化。

工作機(jī)理：

ClinVar 采用的是星標(biāo)系統(tǒng)（star-based system，生物通譯），可以評(píng)估某個(gè)特定突變?cè)诩膊≈械谋緛?lái)或者注釋作用。四星級(jí)是最高級(jí)，也就是說這個(gè)突變的功能已經(jīng)經(jīng)過了多位專家的測(cè)評(píng)。這樣詳細(xì)審查過程的好處在于用戶能信任三、四星突變的功能注釋，Rhem說，但是在ClinVar 數(shù)據(jù)庫(kù)中只有少量此類數(shù)據(jù)（3,800個(gè)）。

更多時(shí)候是只有一星的突變，這通常只基于單個(gè)提出注釋功能的研究成果，還有沒有星的，也就是提交者沒有提供解釋標(biāo)準(zhǔn)和支持證據(jù)。ClinVar 工具的一個(gè)問題在于其數(shù)據(jù)庫(kù)中大多數(shù)臨床上重要的突變（83%）都是某個(gè)家庭中獨(dú)一無(wú)二的，或者非常罕見的。

2015年NEJM發(fā)表文章

如何入手：

充分了解ClinVar，可以參閱近期的一份詳細(xì)用戶手冊(cè)（Curr Protoc Hum Genet, doi:10.1002/0471142905.hg0816s89, 2016），此外還有YouTube上的一個(gè)視頻video 也解釋了不同的搜索項(xiàng)。由于這一工具依賴于提交數(shù)據(jù)，因此Rehm也鼓勵(lì)實(shí)驗(yàn)室共享數(shù)據(jù)，提交數(shù)據(jù)向?qū)Э梢栽?/span> ClinVar 網(wǎng)站上找到。

注意事項(xiàng)：

雖然 ClinVar希望能滿足你的所有需求，但實(shí)際上并沒有那么完美，這主要是因?yàn)閿?shù)據(jù)庫(kù)依賴于自愿提交的材料。“我們嘗試說服所有的雜志將ClinVar 作為出版資料的一部分，”Rehm說，目前他們正在朝著這個(gè)方向來(lái)努力。

同時(shí)，他們也在通過多個(gè)來(lái)源分析患者遺傳數(shù)據(jù)中候選突變的臨床意義，包括人類基因突變數(shù)據(jù)庫(kù) (Human Genetic Mutation Database，HGMD)——收集已發(fā)表文獻(xiàn)中的突變，雖然HGMD管理不佳，“但至少它能找出你的突變也許會(huì)出現(xiàn)在哪里，”Rehm也在努力挖掘疾病特異性數(shù)據(jù)庫(kù)，尋找特殊突變。