理解腫瘤與免疫系統(tǒng)的相互作用，是發(fā)現(xiàn)預(yù)后指標(biāo)、降低藥物抗性和開發(fā)新藥的關(guān)鍵。為此，哈佛大學(xué)的研究人員開發(fā)了一種能夠綜合性分析腫瘤免疫的計(jì)算方法。該方法可以對(duì)腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞進(jìn)行評(píng)估，幫助人們理解癌癥中的腫瘤-免疫互作。這項(xiàng)研究于八月二十二日發(fā)表在Genome Biology雜志上，文章通訊作者是哈佛大學(xué)的劉小樂 (X. Shirley Liu)教授和劉軍（Jun S. Liu）教授。

研究人員將自己的算法用于癌癥基因組圖譜TCGA的一萬多個(gè)RNA-seq樣本，涉及23種癌癥。他們?cè)u(píng)估了不同腫瘤的免疫浸潤(rùn)水平，分析了腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞的臨床關(guān)聯(lián)，還預(yù)測(cè)了新的治療靶標(biāo)。

研究顯示，MAGEA3是黑色素瘤的潛在免疫靶標(biāo)，但它不適用于非小細(xì)胞肺癌。在許多癌癥中，SPAG5可以成為癌癥疫苗的靶標(biāo)。研究還表明，根據(jù)CD8 T細(xì)胞的浸潤(rùn)情況，可以將高水平表達(dá)CTLA4的黑色素瘤分為兩類。這些數(shù)據(jù)可以幫助人們開發(fā)出更有效的癌癥疫苗和檢驗(yàn)點(diǎn)阻斷療法。

劉小樂教授青年時(shí)代就讀于天津南開中學(xué), 1992 年考入北京大學(xué)生物系。1994 年轉(zhuǎn)學(xué)到美國(guó)史密斯女子學(xué)院 (Smith College) 雙修生物化學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué), 三年后以最高拉丁榮譽(yù)畢業(yè) (Summa Cum Laude, 授予全校積分最高的 1% 的畢業(yè)生)。2002 年于斯坦福大學(xué)取得生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)博士和計(jì)算機(jī)科學(xué)輔修博士學(xué)位后, 被直接聘為哈佛大學(xué)終身制助理教授。她目前擔(dān)任哈佛大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院生物統(tǒng)計(jì)與計(jì)算生物學(xué)系的終身正教授、Dana-Farber 腫瘤研究所功能性癌癥表觀遺傳組學(xué)中心主任, 和同濟(jì)大學(xué)生物信息學(xué)系教授并長(zhǎng)江學(xué)者講座教授。

劉小樂教授帶領(lǐng)的研究小組最近在國(guó)際著名學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表了多項(xiàng)研究成果。五月三十日在Nature Genetics雜志上發(fā)布了一種新的計(jì)算方法，該方法可以幫助人們用RNA-seq數(shù)據(jù)從頭組裝腫瘤浸潤(rùn)T細(xì)胞的CDR3序列。腫瘤浸潤(rùn)T細(xì)胞是從血液進(jìn)入腫瘤的淋巴細(xì)胞。腫瘤浸潤(rùn)T細(xì)胞大量存在，說明機(jī)體啟動(dòng)了對(duì)抗腫瘤的免疫反應(yīng)。

高通量實(shí)驗(yàn)中的噪音和偏好使高維基因組數(shù)據(jù)分析成為了一項(xiàng)很大的挑戰(zhàn)。劉小樂教授與和德克薩斯大學(xué)西南醫(yī)學(xué)中心合作對(duì)此進(jìn)行了深入研究。他們開發(fā)了一種強(qiáng)大的計(jì)算方法——MANCIE，并將其發(fā)表在今年四月的Nature Communications雜志上。

劉小樂教授此前還在《NATURE REVIEWS GENETICS》上發(fā)表文章，探討了NGS染色質(zhì)分析出現(xiàn)偏好的常見原因、如何判斷這些偏好、減少偏好對(duì)結(jié)論的影響。這篇綜述以DNA為中心，總結(jié)了NGS染色質(zhì)分析中最重要的經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)，提出了一些解決偏好的分析策略。