四川農(nóng)大:腸道菌群蘊(yùn)藏長壽的關(guān)鍵
日期:2016-10-18 08:45:11
盡管全球老年人口的迅速增加,影響衰老的生物學(xué)因素仍然是難以捉摸的。到目前為止,研究人員一直把重點放在確定有助于健康老齡化的遺傳因素,在很大程度上忽視了我們腸道微生物群的作用。最近,來自四川農(nóng)業(yè)大學(xué)和美國阿肯色州大學(xué)的研究人員,在《Current Biology》上發(fā)表的一項新研究,揭示了微生物組在幫助我們生存、延遲或完全擺脫慢性病中所起的作用。四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動物遺傳育種研究所的李英研究員和阿肯色州大學(xué)的Jiangchao Zhao博士是本文共同通訊作者。
李英研究員1998年畢業(yè)于云南大學(xué),2005年畢業(yè)于中科院昆明動物研究所,師從張亞平院士,獲博士學(xué)位,2005年至2011年作為助理研究員、副研究員在中科院昆明動物研究所工作。2009年至2012年在美國密西根大學(xué)從事訪問學(xué)者/博士后研究,2012年進(jìn)入四川農(nóng)業(yè)大學(xué)。一直從事基因和基因家族的分子進(jìn)化研究,目前主要研究領(lǐng)域為動物腸道菌群與其宿主的生長發(fā)育、系統(tǒng)發(fā)育以及環(huán)境適應(yīng)性的關(guān)系研究,曾以第一作者或通訊作者在Nature Genetics,Current Biology,Scientific Reports,Journal of Molecular Endocrinology, Plos One, Gene等期刊上發(fā)表論文。迄今為止以第一作者或通訊作者發(fā)表SCI論文18篇。
Jiangchao Zhao博士早年畢業(yè)于中國農(nóng)業(yè)大學(xué),博士畢業(yè)于美國威斯康星大學(xué)麥迪遜分校,曾在密西根大學(xué)從事博士后研究。其帶領(lǐng)的實驗室主要關(guān)注人類和動物微生物組在健康和不同疾病中的作用。使用跨學(xué)科的方法——例如多組學(xué)(如宏基因組學(xué)、代謝組學(xué)、環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學(xué))、生物信息學(xué)、統(tǒng)計學(xué)、大數(shù)據(jù)和混合培養(yǎng)物,來表征和設(shè)計腸胃道微生物組;確定和應(yīng)用益生元和益生菌來改善人類和動物健康,并降低抗生素的使用;研究人類和動物微生物組的生態(tài)學(xué)和進(jìn)化;確定人類和動物呼吸道疾病中的微生物組生物標(biāo)記物。
腸道微生物組在許多生理過程中起著重要的作用,包括我們免疫系統(tǒng)的發(fā)育。這項研究的資深作者李英(Ying Li)和Jiangchao Zhao,將這個觀念進(jìn)行了擴(kuò)展,他們推測,我們的腸道菌群可能有助于健康老齡化。
研究人員對來自中國四川省都江堰和雅安的一個長壽人群中的168個人進(jìn)行了調(diào)查研究,來探討這個問題。Zhao說:“這些人口是非常令人驚訝的!他們已經(jīng)有90歲或者更年長,但卻是非常健康的。他們?nèi)匀环浅;钴S,非常獨立,走路、吃飯和玩耍都不需要太多的幫助。”
該研究小組首先收集了來自偏遠(yuǎn)地區(qū)人口的糞便樣本,這不是一件容易的事,因為大多數(shù)的人住在農(nóng)村的地方,有的在很遠(yuǎn)很遠(yuǎn)的地方。
這項研究的新穎之處在于,研究人員使用機(jī)器學(xué)習(xí)來解釋這個隊列的細(xì)菌測序數(shù)據(jù)。微生物組數(shù)據(jù)可能是凌亂,因為它們不符合經(jīng)典統(tǒng)計模型的假設(shè),如樣本的獨立性和變量之間有限的互動。
Zhao博士說:“Random Forest最適合于這個數(shù)據(jù)集,因為這種方法不需要所有這些假設(shè)。”相反,統(tǒng)計方法依賴于數(shù)據(jù)集子集的隨機(jī)選擇,決定應(yīng)用哪些隨機(jī)預(yù)測因子。用不同的排列運(yùn)行模型數(shù)千次,可使得研究人員挑選出來確定了的細(xì)菌種類,并找到健康老齡化的實際預(yù)測因子。在這種情況下,李英和Zhao的研究小組,通過將其模型應(yīng)用到最近研究的一個意大利百歲老人河超級百歲老人隊列,進(jìn)一步驗證了他們的模型。
盡管存在與飲食相關(guān)的偏差,腸道微生物群的兩個特點已成為兩個隊列健康老齡化的指標(biāo):腸道微生物群落多樣性和有益細(xì)菌數(shù)的增加,如梭狀芽孢桿菌、Ruminococcaceae、Akkermansia和christensenellaceae。
李英和zhao的團(tuán)隊現(xiàn)在正在研究,這些微生物因子如何促進(jìn)健康老齡化。換句話說,哪些是原因以及有什么影響?李英說:“我們已經(jīng)開始著手解決這一問題。我們將來自于長壽者的糞便樣品移植到果蠅和其他動物模型中,以測試來自這些人的腸道菌群是否可以延長這些模型生物體的壽命。”從長遠(yuǎn)來看,他們的研究團(tuán)隊希望開發(fā)益生元或益生菌,旨在調(diào)節(jié)人體腸道微生物,以促進(jìn)健康老齡化。