冷泉港實(shí)驗(yàn)方案《Cold Spring Harbor Protocols》5月刊新鮮出爐。本期照例有兩篇精選文章可供大家免費(fèi)查看。一篇是利用蛋白芯片鑒定蛋白-DNA的相互作用，另一篇是對(duì)腎臟發(fā)育的成像。

Characterization of Protein–DNA Interactions Using Protein Microarrays

這篇實(shí)驗(yàn)方案是由約翰霍普金斯大學(xué)醫(yī)學(xué)院的朱恒（音譯，Heng Zhu）博士領(lǐng)導(dǎo)的研究小組提供的。

蛋白-DNA相互作用（Protein-DNA interactions，PDIs)是調(diào)控生命功能的重要機(jī)制，對(duì)細(xì)胞的分化發(fā)育、功能的維持以及細(xì)胞活性的維持都具有重大的意義。朱恒博士領(lǐng)導(dǎo)的研究小組在此介紹了一個(gè)利用蛋白芯片技術(shù)鑒定PDIs的實(shí)驗(yàn)方案。

此方案具體介紹了雙鏈DNA的設(shè)計(jì)和制備，雙鏈DNA探針的制備，DNA探針與蛋白芯片雜交，并分析所產(chǎn)生的蛋白-DNA相互作用。此方案能夠同時(shí)鑒定數(shù)千個(gè)蛋白的蛋白-DNA相互作用，而多個(gè)精心設(shè)計(jì)的DNA探針也能平行檢測(cè)，實(shí)現(xiàn)了蛋白質(zhì)組范圍的PDIs快速分析。

朱恒研究小組曾利用此技術(shù)系統(tǒng)分析了人類蛋白-DNA的相互作用圖譜。他們?cè)?60個(gè)基因序列上發(fā)現(xiàn)了17718個(gè)蛋白-DNA作用現(xiàn)象，它們調(diào)控各種轉(zhuǎn)錄過程。這些蛋白可歸為4191個(gè)類別。當(dāng)時(shí)的研究成果發(fā)表在《Cell》雜志上，并被列為亮點(diǎn)研究推薦。

Imaging Kidney Development

這篇實(shí)驗(yàn)方案改編自冷泉港出版社最近出版的《Imaging in Development Biology : A Laboratory Manual》一書，是由哥倫比亞大學(xué)醫(yī)學(xué)中心的Frank Costantini、牛津大學(xué)的Shankar Srinivas及其同事提供的。

腎臟的發(fā)育包含了一些細(xì)胞譜系的相互作用以及復(fù)雜的形態(tài)發(fā)生過程，如輸尿管芽發(fā)育成腎盂，分支形成腎盞、再分支形成小盞、集合管，而間充質(zhì)祖細(xì)胞分化形成腎上皮。小鼠腎臟作為實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)的一個(gè)主要優(yōu)勢(shì)在于，它能夠在培養(yǎng)過程中發(fā)育。而熒光蛋白的出現(xiàn)也為觀察器官培養(yǎng)中特定腎臟結(jié)構(gòu)的形態(tài)發(fā)生提供了工具。

在本方案中，研究人員介紹了兩類表達(dá)熒光蛋白的轉(zhuǎn)基因小鼠，來觀察不同的細(xì)胞譜系和發(fā)育過程。一類是以特定基因的形式表達(dá)熒光蛋白的轉(zhuǎn)基因小鼠，另一類是Cre報(bào)告基因小鼠，它通過Cre重組酶活性打開了細(xì)胞中的熒光蛋白。

在本期CSHL中，另一篇實(shí)驗(yàn)方案詳細(xì)地介紹了胚胎小鼠腎臟的解剖、體外培養(yǎng)和成像，可惜不能免費(fèi)看全文，訂閱用戶才能看。