近日來自美國Dana-Farber癌癥研究所（Dana-Farber Cancer Institute）、哈佛醫(yī)學院、布洛德研究所（Broad Institute）、以色列魏茲曼科學等處的研究人員對大腸癌樣品展開了全基因組測序分析，并從中發(fā)現(xiàn)了與大腸癌發(fā)病相關的一個新的基因融合。新研究發(fā)現(xiàn)為進一步進入了解大腸癌的發(fā)病演化機制提供了新線索。相關論文發(fā)表在9月4日的《自然遺傳學》（Nature Genetics）雜志上。

大腸癌（Colorectal Cancer）為結腸癌和直腸癌的總稱，是胃腸道最常見的惡性腫瘤之一，僅次于胃癌、食管癌。約半數(shù)患者接受傳統(tǒng)切除手術后癌細胞會轉(zhuǎn)移或擴散，而一旦出現(xiàn)轉(zhuǎn)移或擴散，5年存活率只有8%。

在這篇文章中，研究人員利用Illumina GAII的測序平臺對9例大腸癌腫瘤組織及匹配的正常組織進行了全基因組測序分析，其測序深度分別達到30.7倍和31.9倍。根據(jù)基因組分析的結果，研究人員發(fā)現(xiàn)了137,968個潛在的體細胞突變，其中的712個有可能導致了蛋白質(zhì)編碼序列堿基錯義替換（non-synonymous substitution）、插入或缺失。研究人員利用質(zhì)譜基因分型法對521個缺失突變進行了檢測，證實其中的439個是真正的體細胞突變。

基于基因組分析的結果，研究人員推測出每個大腸癌基因組大約每10-6個序列包含5個突變，其中基因間序列大約為每10-6個序列包含6.7個突變，內(nèi)含子序列大約為每10-6個序列包含4.8個突變，外顯子序列大約為每10-6個序列包含4.2個突變。此外，研究人員還粗略推算出在外顯子序列中大約每10-6個序列就包含3.1個錯義突變。研究人員指出與過去的研究相一致的是，他們發(fā)現(xiàn)突變主要集中在基因組的CpG位點。

在隨后研究人員在對另一組的97個結腸癌腫瘤樣品進行篩查時，在3例癌癥樣本中發(fā)現(xiàn)了一個新的基因融合VTI1A -TCF7L2。

癌癥中的染色體重排常常導致兩個獨立的基因融合在一起。在某些情況下，兩個基因編碼區(qū)連接在一起，導致融合蛋白的表達。而有時基因重排會導致一個基因處于另一個基因的調(diào)控元件之下，從而引起異常的基因表達。基因融合與多種血液、骨髓和軟組織癌癥，如白血病、淋巴瘤等相關。近年來一些研究發(fā)現(xiàn)在一些實體瘤中如胃癌、前列腺癌中也存在有基因融合。

“利用高通量的基因組測序技術，我們在3例大腸癌樣本 中發(fā)現(xiàn)了VTI1A-TCF7L2融合基因，并證實其對于大腸癌的發(fā)生發(fā)揮了重要的活性作用，”文章的共同通訊作者、同時任職于美國Dana-Farber癌癥研究所、哈佛醫(yī)學院及布洛德研究所的腫瘤病理學研究員Matthew Meyerson說道。

新研究第一次揭示了與大腸癌發(fā)病相關的一個基因融合，這一研究發(fā)現(xiàn)或?qū)椭t(yī)生更有效地開展臨床治療，并推動研究人員開發(fā)出新治療藥物及大腸癌癌診斷新工具。