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Nature Methods:來自病人血液的miRNA表達(dá)譜

日期:2011-09-08 08:33:26

德國多個(gè)研究機(jī)構(gòu)的研究人員繪制了來自病人血液的miRNA表達(dá)譜,其中包括自體免疫疾病、癌癥、心血管疾病以及慢性炎癥患者。該研究成果發(fā)表在9月4日的《Nature Methods》在線版上。

在一項(xiàng)多中心研究中,研究人員對患病個(gè)體的454個(gè)血液樣本進(jìn)行芯片分析,確定了863個(gè)microRNA的表達(dá)譜,并利用實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證了此miRNA組(miRNome)。他們檢測了所有疾病的一致下調(diào)圖譜,而通路分析證實(shí)了各個(gè)miRNA的疾病相關(guān)性。他們還發(fā)現(xiàn),疾病相關(guān)遺傳變異的基因組位置與下調(diào)的miRNA存在顯著相關(guān)性(P = 0.004)。

miRNA不僅影響或者調(diào)控了細(xì)胞增殖、分化過程中的mRNA和關(guān)鍵蛋白質(zhì),還可能同時(shí)具有腫瘤抑制因子和原癌基因的功能,在癌癥的診斷和治療中發(fā)揮重要的作用。盡管大部分報(bào)道的miRNA表達(dá)譜都是從實(shí)體組織中產(chǎn)生的,但越來越多的證據(jù)表明,miRNA表達(dá)譜也可以從體液中輕松獲取,比如血液。

于是,德國生物標(biāo)志物探索中心的Andreas Keller聯(lián)合其他研究人員,試圖闡明并比較不同疾病中863個(gè)miRNA的血液表達(dá)譜,以檢測疾病特異的改變。他們收集了454個(gè)血液樣本,分別來自患有肺癌、前列腺癌、胰腺癌、黑色素瘤、卵巢癌、胃癌、腎母細(xì)胞癌、胰腺腫瘤、多發(fā)性硬化癥、慢性阻塞性肺疾病、結(jié)節(jié)病、牙周炎、胰腺炎或急性心肌梗塞的個(gè)體,以及未患病的對照個(gè)體。

研究人員使用了高度特異的引物延伸型芯片,這種芯片表現(xiàn)出非常低的交叉雜交,可區(qū)分let-7家族的成員。平均說來,他們在每種疾病中找到103個(gè)下調(diào)的miRNA。與對照相比,總共62個(gè)miRNA在至少6種疾病中下調(diào),而24個(gè)miRNA在一半以上疾病中下調(diào)。一個(gè)miRNA(hsa-miR-320d)在11種疾病中下調(diào),而三個(gè)miRNA在9種疾病中下調(diào)。大部分miNRA在多數(shù)疾病中一致下調(diào)。

為了研究顯著下調(diào)的miRNA是否在物理位置上接近已知的易感變異體,他們提取了3495個(gè)發(fā)表的SNP,并在這些SNP周圍的250 kb范圍內(nèi)搜索miRNA的編碼序列。他們檢測到241個(gè)SNP與miRNA接近的情況。其中,7個(gè)與研究中包含的疾病相關(guān)。他們發(fā)現(xiàn),遺傳變異的鄰近與下調(diào)的miRNA存在顯著相關(guān)性(P = 0.004)。

作者總結(jié)道,鑒定疾病與血細(xì)胞中miRNA表達(dá)譜變化之間的復(fù)雜關(guān)系,不僅有助于了解疾病關(guān)聯(lián),還為病理過程提供了線索,因?yàn)閙iRNA影響了數(shù)千個(gè)基因的表達(dá)。