近幾年，定量蛋白質(zhì)組學(xué)的方法正被廣泛應(yīng)用。研究人員通過這種方法來了解細(xì)胞和生物如何調(diào)控它們的代謝，以支持生長、增殖、分化、發(fā)育和存活。一些定量蛋白質(zhì)組學(xué)的研究策略也被開發(fā)出，其中利用穩(wěn)定同位素進(jìn)行代謝標(biāo)記是一種較為常用的策略，它能夠定量比較細(xì)胞和生物的蛋白質(zhì)組。

SILAC的基本原理是分別用天然同位素（輕型）或穩(wěn)定同位素（重型）標(biāo)記的必需氨基酸取代細(xì)胞培養(yǎng)基中相應(yīng)氨基酸，細(xì)胞經(jīng)5-6個倍增周期后，穩(wěn)定同位素標(biāo)記的氨基酸完全摻入到細(xì)胞新合成的蛋白質(zhì)中替代了原有氨基酸。不同標(biāo)記細(xì)胞的裂解蛋白按細(xì)胞數(shù)或蛋白量等比例混合，經(jīng)分離、純化后進(jìn)行質(zhì)譜鑒定。

SILAC這種方法一般多用于組織培養(yǎng)細(xì)胞，在線蟲上的應(yīng)用還尚未有報道。盡管SILAC已用于一些多細(xì)胞物種的分析，但是同位素標(biāo)記的精氨酸轉(zhuǎn)化成脯氨酸及其他氨基酸的問題卻困擾著這些研究。精氨酸-脯氨酸的轉(zhuǎn)化降低了SILAC標(biāo)記肽段的信號。

于是，英國鄧迪大學(xué)的Mark Larance等修改了SILAC方法，試圖避免精氨酸-脯氨酸的轉(zhuǎn)化問題。他們用一種重型賴氨酸和重型精氨酸標(biāo)記的大腸桿菌喂養(yǎng)線蟲，質(zhì)譜分析表明F1后代中已摻入重型精氨酸和賴氨酸。同時，他們還采用RNAi via feeding策略，靶定了精氨酸-脯氨酸轉(zhuǎn)化過程中必需的鳥氨酸轉(zhuǎn)氨酶基因orn-1。質(zhì)譜結(jié)果表明，這種策略幾乎完全避免了精氨酸-脯氨酸的轉(zhuǎn)化。將此方法與定量蛋白質(zhì)組方法相結(jié)合，研究人員還鑒定了線蟲的熱擊反應(yīng)。

作者認(rèn)為，他們的SILAC方法為線蟲的定量蛋白質(zhì)組研究帶來了很多機會。沒有了精氨酸-脯氨酸的轉(zhuǎn)化，SILAC實驗可更高效地開展。SILAC技術(shù)還能協(xié)助確定線蟲發(fā)育、衰老以及壓力過程中的整體蛋白質(zhì)組變化。

在另一篇文章中，南丹麥大學(xué)生物化學(xué)與分子生物學(xué)系的Julius Fredens等也使用了非常相似的方法。他們用重型同位素標(biāo)記的大腸桿菌喂養(yǎng)線蟲，得到了重型同位素標(biāo)記賴氨酸的線蟲。利用標(biāo)記的線蟲和定量蛋白質(zhì)組方法，他們鑒定出一些蛋白，被線蟲核激素受體49的knockdown所調(diào)控。

作者也認(rèn)為，定量蛋白質(zhì)組學(xué)與分子遺傳學(xué)相結(jié)合來系統(tǒng)研究線蟲的基因功能，將大大擴展我們對細(xì)胞信號與代謝如何協(xié)調(diào)的了解，從而了解細(xì)胞功能的改變?nèi)绾螌?dǎo)致人類疾病。