中科院過程所通過超級計算模擬病毒三維結(jié)構(gòu)在細(xì)胞液中的動態(tài)結(jié)構(gòu)，體系中包涵原子個數(shù)3億，模擬使用了多達(dá)1728個GPU，是目前該類型中最大的模擬，模擬結(jié)果對探索抗流感藥物研制起到了重要作用。  

　　2009年，全球爆發(fā)了大規(guī)模的H1N1亞型豬流感病毒流感疫情，這種病毒結(jié)構(gòu)復(fù)雜且具有多態(tài)性，目前僅能通過電鏡觀察其粗略外表結(jié)構(gòu)，或通過蛋白質(zhì)結(jié)晶獲得單個蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，再由X射線衍射等手段檢測其三維結(jié)構(gòu)，對于其原子層次結(jié)構(gòu)在體細(xì)胞液中的動態(tài)變化，則不甚清楚。中科院過程所通過超級計算模擬病毒三維結(jié)構(gòu)在細(xì)胞液中的動態(tài)結(jié)構(gòu)，體系中包涵原子個數(shù)3億，模擬使用了多達(dá)1728個GPU，是目前該類型中最大的模擬，模擬結(jié)果對探索抗流感藥物研制起到了重要作用。

　　化學(xué)工程的基本挑戰(zhàn)之一是從確立化學(xué)產(chǎn)品特性的分子結(jié)構(gòu)，到生產(chǎn)這些化學(xué)產(chǎn)品的反應(yīng)器或設(shè)備間存在巨大的差異。這個差異是從10-10m  和  10-15s到101m  和  103s的數(shù)量級的差異，有時甚至更大。

　　物理模型和數(shù)學(xué)模型的協(xié)同設(shè)計，以及計算機軟件和硬件的設(shè)計，已經(jīng)能讓要求嚴(yán)格的分子動力學(xué)(MD)模擬在三個維度的微米級達(dá)到真正petaflops級的持續(xù)性能表現(xiàn)。例如，使用1728顆GPU的Mole-  8.5系統(tǒng)，能在每天0.77納秒的速度下模擬由300萬個原子或自由基水溶液組成的一個完整的流感病毒粒子H1N1。