來自中國科學(xué)院北京基因組研究所的研究人員發(fā)表了題為“wapRNA: a web-based application for the processing of RNA sequences”的文章，報道了他們構(gòu)建的RNA在線處理平臺“wapRNA”的最新成果，相關(guān)研究公布在國際期刊Bioinformatics上。

這項研究由北京基因組研究所胡松年研究員、宋述慧副研究員和生物信息平臺負責(zé)人趙文明等人共同完成。wapRNA網(wǎng)站鏈接為http://waprna.big.ac.cn。

RNA作為三個主要的生物大分子之一，是了解生物生長、發(fā)育、疾病等重要生命過程的關(guān)鍵物質(zhì)。RNA主要分為兩類，一類是messenger RNA（mRNA），利用自身攜帶的遺傳信息來指導(dǎo)蛋白質(zhì)的合成；另一類則是通過催化生物反應(yīng)、控制基因表達、影響染色體結(jié)構(gòu)等來實現(xiàn)自己的功能，這類RNA中研究比較深入和廣泛的是microRNA（miRNA），它通過與mRNA相結(jié)合抑制或者降解靶mRNA來實現(xiàn)轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。

隨著基因組測序技術(shù)的飛速發(fā)展，越來越多的科學(xué)家想通過研究RNA分子（mRNA和miRNA）的表達變化來探索生物學(xué)問題、揭示生命過程和了解疾病發(fā)生等。然而，由第二代測序技術(shù)產(chǎn)出的海量數(shù)據(jù)具有更高的軟硬件要求，比如大型計算機、海量存儲、專業(yè)的計算機維護人員、適應(yīng)新數(shù)據(jù)要求的數(shù)據(jù)處理軟件、專門的數(shù)據(jù)分析人員等，這給傳統(tǒng)的生物科學(xué)家?guī)砹诵碌臋C遇和挑戰(zhàn)。

研究人員為了解決傳統(tǒng)科學(xué)家在海量數(shù)據(jù)處理方面面臨的問題，針對不同的第二代測序技術(shù)（主要有SOLiD和Solexa）和不同的研究對象（mRNA和miRNA），開發(fā)了基于網(wǎng)站的RNA在線處理平臺wapRNA。該平臺提供了一套完整的工具，可以使傳統(tǒng)科學(xué)家通過在網(wǎng)站上簡單的選擇來完成從RNA原始數(shù)據(jù)（rawdata）處理到獲得最終結(jié)果等一系列數(shù)據(jù)處理過程，同時還提供了可供用戶下載的每一步數(shù)據(jù)處理過程結(jié)果及統(tǒng)計圖表信息。

此外，研發(fā)人員還集成了一些常用的功能分析模塊，比如基因差異表達分析（DEGseq）、代謝通路分析（KEGG）、Gene Ontology分析（Go）和miRNA靶基因預(yù)測（Target prediction）等，以及可以在本地執(zhí)行的程序包，可以方便地在本地計算機上安裝使用。