來自歐洲、非洲和北美的研究人員開展了一項以基因組學(xué)為基礎(chǔ)的系統(tǒng)發(fā)育分析，發(fā)現(xiàn)沙眼衣原體（Chlamydia trachomatis）存在廣泛的重組。他們認為，沙眼衣原體分類所用的檢測往往不足以了解菌株之間的真實關(guān)系。該成果近日發(fā)表在《Nature Genetics》雜志在線版上。

通過對新近測序的分離株以及16個過去測序的分離株的系統(tǒng)發(fā)育分析，他們發(fā)現(xiàn)，與眼部感染、泌尿生殖道感染和全身性感染相關(guān)的沙眼衣原體基因組中存在重組。

沙眼衣原體是一類在細胞內(nèi)寄生的微生物，大小約為250～450 nm。沙眼是一種我們比較熟悉的由沙眼衣原體引起的疾病。這種衣原體還會引起結(jié)膜炎、泌尿生殖道感染、性病性淋巴肉芽腫等。

根據(jù)宿主種類及所致疾病的不同，沙眼衣原體分為三個生物變種：沙眼生物變種，淋巴肉芽腫（LGV）生物變種和鼠肺炎生物變種。每個生物變種又分為若干個血清型。沙眼衣原體的分型主要是基于一種稱為主要外膜蛋白（MOMP）的細胞表面蛋白，或編碼這種抗原的ompA基因。然而，人們對其群體和進化遺傳學(xué)的了解很有限。

在這項研究中，研究人員對36個沙眼衣原體分離株的基因組進行了測序。這些分離株是在1959-2009年間從世界各地采集到的，其中包括12個L2b流行菌株、6個其他LGV菌株、14個泌尿生殖道菌株和4個眼部菌株。

為了完善他們的系統(tǒng)發(fā)育分析，研究小組還增加了過去測序的16個菌株的遺傳學(xué)數(shù)據(jù)，包括2個LGV菌株、11個泌尿生殖道感染相關(guān)菌株和3個眼部感染菌株。

他們的系統(tǒng)發(fā)育分析指向了三個譜系：一個由LGV菌株組成，而另一個包含兩個泌尿生殖道分支，其中一個又產(chǎn)生眼部分離株的分支。

與研究人員的預(yù)計不同，基因組數(shù)據(jù)表明，不同類別的分離株之間存在著廣泛的混合與配對。研究人員表示，盡管沙眼衣原體有足夠的遺傳硬件來開展重組，但長期以來人們都認為它們沒有。

文章的通訊作者，Wellcome Trust Sanger研究院的Nicholas Thomson談到：“我們確實發(fā)現(xiàn)重組存在于臨床分離株之間，幾乎是你想到的任何重組?，F(xiàn)實情況是不存在重組的物理障礙。幾乎所有菌株都互相重組。”

更讓人吃驚的是，一些重組事件還包括了編碼MOMP抗原的基因。研究小組發(fā)現(xiàn)，一些有著相同ompA序列的菌株分布在進化樹的不同分支上，暗示這種血清型標志物并不是特別好。

研究人員認為，在大部分情況下，新的研究成果并不會影響衣原體感染的診斷和治療方式，因為臨床上關(guān)心的通常是是否存在沙眼衣原體。但他們預(yù)計，這項成果會對今后沙眼衣原體的研究方式產(chǎn)生直接影響。