Nature:大規(guī)模繪制乳腺癌基因組
日期:2012-04-09 08:24:21
近日來(lái)自加拿大英屬哥倫比亞國(guó)際大學(xué)、西蒙菲莎大學(xué)和南加州大學(xué)等研究機(jī)構(gòu)的科學(xué)家們組成的一個(gè)國(guó)際研究小組開(kāi)展了史上最大規(guī)模的三陰性乳腺癌(triple negative breast cancer, TNBC)遺傳分析研究,他們通過(guò)對(duì)超過(guò)100種三陰性乳腺癌的腫瘤樣品繪制基因組,解開(kāi)了這種最致命的乳腺癌的遺傳密碼,揭示了該疾病難于治療的根源。相關(guān)研究論文發(fā)表在4月4日的《自然》(Nature)雜志上。
三陰性乳腺癌是指雌激素受體(ER)、孕激素受體(PR)和人表皮生長(zhǎng)因子受體2(Her-2)均為陰性的乳腺癌。主要好發(fā)于40以下的婦女,約占乳腺癌患者總數(shù)的16%,乳腺癌死亡總數(shù)的25%。由于采用現(xiàn)代藥物治療效果不佳,科學(xué)家們將其視為最具致命性的乳腺癌形式。
該研究的領(lǐng)導(dǎo)者Sam Aparicio表示新研究表明三陰性乳腺癌并非僅是一種乳腺癌亞型,實(shí)際上它非常的復(fù)雜。
起初,59位科學(xué)家希望通過(guò)繪制104種腫瘤基因組找到它們之間的相似基因譜(gene profiles)。然而令他們感到驚訝的是,他們發(fā)現(xiàn)沒(méi)有任何兩個(gè)基因組是相似的,更不用說(shuō)相同。
在這篇文章中,研究人員發(fā)現(xiàn)這104種TNBC顯示了廣泛和連續(xù)的基因組進(jìn)化譜。一些僅包含少數(shù)的編碼體細(xì)胞畸變,而另一些則包含了數(shù)百個(gè)的編碼體細(xì)胞突變。高通量RNA測(cè)序(RNA-seq)揭示大約只有36%的突變得到表達(dá)。利用深度再測(cè)序(deep re-sequencing)測(cè)量2,414個(gè)體細(xì)胞突變的等位基因豐度,研究人員第一次確定了腫瘤樣品間克隆頻率的相對(duì)豐度,分析結(jié)果表明TNBCs克隆頻率差異頗大。
“在分子水平上檢測(cè)這些腫瘤讓我們知道所處理的并非是一種乳腺癌亞型,而是一系列不同的乳腺癌類(lèi)型,”文章的共同作者、西蒙菲莎大學(xué)分子生物學(xué)和生物化學(xué)教授Steven Jones說(shuō)。
Steven Jones補(bǔ)充說(shuō):“盡管它們?cè)谂R床上相似,然而卻顯示出遺傳多樣性,這或可解釋為什么這類(lèi)疾病難于治療。這些研究發(fā)現(xiàn)證實(shí)了個(gè)體化癌癥藥物治療的重要性,靶向特定腫瘤的基因結(jié)構(gòu)而非單一治療更適合于治療多種看起來(lái)相似的腫瘤。”
卑詩(shī)癌癥機(jī)構(gòu)(BC Cancer Agency) Samuel Abraham博士說(shuō)該研究強(qiáng)調(diào)了個(gè)體化癌癥藥物治療的重要性?!巴ㄟ^(guò)準(zhǔn)確區(qū)分不同類(lèi)型三陰性乳腺癌,可能使我們具備解析復(fù)雜性的能力。從而為我們提供了一個(gè)潛在治療這一疾病的把手,”Abraham說(shuō)。