對(duì)于基因組水平的DNA甲基化研究，您有好幾種方法可以選擇，比如，全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序。這種方法帶來(lái)了高分辨率且全面的甲基化模式檢測(cè)，但它需要大量的起始材料。在構(gòu)建文庫(kù)時(shí)，通常需要5μg以上的基因組DNA。因此，對(duì)于起始材料有限的樣本，這種甲基化分析方法不適用。

相比之下，低代表性的亞硫酸氫鹽測(cè)序需要的起始DNA要少一些，但同時(shí)犧牲了全面性。與分析整個(gè)基因組不同，這種方法聚焦于基因組的特定區(qū)域。而對(duì)于癌癥和發(fā)育等領(lǐng)域的研究人員來(lái)說(shuō)，起始材料往往有限，這也就限制了分析方法的選擇。

為此，華盛頓大學(xué)的Jay Shendure和Andrew Adey開發(fā)出一種新的亞硫酸氫鹽測(cè)序方法，綜合了上述方法的優(yōu)勢(shì)。他們的方法僅需1ng起始DNA，但仍然能提供全基因組DNA甲基化模式的全面分析。他們的秘訣在于文庫(kù)構(gòu)建方法，這種稱為“tagmentation”的方法比連接法更高效。

在上周的《基因組研究》（Genome Research）上，他們介紹了一種基于tagmentation的全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序方法。新方法利用Tn5轉(zhuǎn)座子將DNA片段化，并同時(shí)摻入接頭。與連接方法相比，轉(zhuǎn)座子方法更加高效，也減少了所需的DNA起始量。

之前，Jay Shendure曾與華大基因合作，開發(fā)出一種類似的基于tagmentation的文庫(kù)構(gòu)建方法，用于基因組測(cè)序。他們發(fā)現(xiàn)，即使這種方法使用了較少的DNA，但仍能提供相當(dāng)?shù)母采w度。

研究人員對(duì)之前的方法進(jìn)行了改進(jìn)。他們首先用帶有單個(gè)甲基化接頭的轉(zhuǎn)座子攻擊基因組DNA。之后他們采用寡核苷酸置換策略，通過(guò)退火添加第二個(gè)甲基化的接頭，并開展缺口修復(fù)。這使得每條鏈的5’和3’端都有接頭。之后再開展亞硫酸氫鹽處理，將未甲基化的胞嘧啶轉(zhuǎn)化成尿嘧啶。

為了檢驗(yàn)轉(zhuǎn)座子文庫(kù)制備，研究人員用轉(zhuǎn)座法和連接法分析了一個(gè)淋巴母細(xì)胞系，當(dāng)然，起始樣本量不同。結(jié)果，他們發(fā)現(xiàn)，即使起始材料相差很大，但兩種方法是相對(duì)一致的。

作者認(rèn)為，這種方法為樣品量有限的表觀遺傳學(xué)研究人員提供了一個(gè)新選擇，比如癌癥的甲基化研究。此外，他們還計(jì)劃進(jìn)一步優(yōu)化方法，嘗試使用更少的樣品量。