Life Technologies公司近日與美國(guó)印第安納大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究人員合作，說明了RNA-Seq在檢測(cè)癌細(xì)胞基因融合中的作用，該項(xiàng)成果發(fā)表在《PLOS Computational Biology》上。

測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步實(shí)現(xiàn)了生物樣本中RNA轉(zhuǎn)錄本的詳細(xì)鑒定，但準(zhǔn)確地定位讀取以及從數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)生物學(xué)意義仍然是很大的挑戰(zhàn)?；蛉诤线@一類轉(zhuǎn)錄本在癌癥中特別重要。比如，95%的慢性粒細(xì)胞白血?。?/SPAN>CML）患者的白血病細(xì)胞都表達(dá)BCR-ABL基因融合，因?yàn)?/SPAN>9號(hào)和22號(hào)染色體的長(zhǎng)臂之間存在相互易位。BCR-ABL也在30%-50%的成人急性淋巴細(xì)胞白血病的病例中發(fā)現(xiàn)。研究發(fā)現(xiàn)，融合基因通過過度激活原癌基因，失活抑癌基因，或改變其他基因的調(diào)控和/或剪接，導(dǎo)致關(guān)鍵信號(hào)通路的缺陷，從而導(dǎo)致腫瘤發(fā)生。

對(duì)于目前讀長(zhǎng)較短的新一代測(cè)序而言，當(dāng)基因融合豐度較低時(shí)，發(fā)現(xiàn)難度較大。在此項(xiàng)研究中，研究人員利用Life Technologies的RNA-Seq，介紹了一種能夠檢測(cè)癌細(xì)胞系中基因融合的新方法。此方法中的秘密武器是一種新算法，能發(fā)現(xiàn)融合的斷裂點(diǎn)。

文章的第一作者，Life Tech Ion生物信息學(xué)小組的資深科學(xué)家Onur Sakarya介紹，這種新算法稱為SASR（Suffix Array Splice Read mapping），它能夠輕松地檢測(cè)跨越融合點(diǎn)的讀取。

研究人員利用SOLiD系統(tǒng)對(duì)乳腺癌細(xì)胞系MCF-7開展末端配對(duì)RNA-Seq研究，在超過12萬(wàn)個(gè)剪接點(diǎn)中檢出了40個(gè)基因融合。利用TaqMan分析，他們驗(yàn)證了40個(gè)融合中的36個(gè)，其中25個(gè)在MCF-7中表達(dá)，而對(duì)照的人腦中不表達(dá)。之后，他們還發(fā)現(xiàn)，一個(gè)包含雌激素受體α基因ESR1的染色體內(nèi)基因融合和另一個(gè)包含RPS6KB1的融合在多個(gè)乳腺癌細(xì)胞系以及臨床腫瘤樣本中表達(dá)。

印第安納大學(xué)醫(yī)學(xué)院的助理教授Milan Radovich認(rèn)為：“SASR算法提供了一種無(wú)偏向的方法，來(lái)發(fā)現(xiàn)基因融合和剪接。與過去的方法相比，這種方法大大提高了融合點(diǎn)檢測(cè)的靈敏度和特異性，讓研究人員能從RNA測(cè)序項(xiàng)目中提取更多數(shù)據(jù)?！?/SPAN>