Cell:新RNA修飾影響成千上萬的基因
日期:2012-05-26 08:03:07
在過去的十年里,表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域的研究揭示了化學(xué)修飾堿基是人類基因組的豐富組件,使得我們放棄了在高中學(xué)習(xí)的DNA由4個(gè)堿基組成的遺傳學(xué)概念。
現(xiàn)在來自康奈爾大學(xué)維爾醫(yī)學(xué)院的研究人員獲得的一個(gè)遺傳學(xué)新發(fā)現(xiàn)將再次迫使我們重寫教科書。然而,這一次的研究發(fā)現(xiàn)與RNA相關(guān)。RNA像DNA一樣攜帶著關(guān)于我們的基因以及它們?nèi)绾伪磉_(dá)的信息。研究人員發(fā)現(xiàn)了一種新的RNA堿基修飾,他們認(rèn)為這將徹底改變我們對于基因表達(dá)的理解。
研究人員采用了兩種不同的可識別和結(jié)合mRNA中m6A的抗體選擇性分離出包含m6A的mRNAs。通過對這些mRNAs進(jìn)行新一代測序,他們能夠鑒別分離出的每一個(gè)mRNA的序列。來自康奈爾大學(xué)維爾醫(yī)學(xué)院生理學(xué)系和計(jì)算機(jī)生物醫(yī)學(xué)研究所助理教授、文章的共同作者Christopher Mason博士和Olivier Elemento博士隨后開發(fā)出了計(jì)算機(jī)算法解析了這些甲基化mRNAs每一個(gè)的特性。
研究人員并不知道他們在人類中檢測到的數(shù)以千計(jì)m6As是如何發(fā)揮作用調(diào)控mRNAs功能的,但是他們注意到m6As定位在mRNA序列的“終止密碼子”附近。這些區(qū)域會發(fā)送終止mRNA翻譯的信號,表明m6A有可能影響了核糖體的功能。文章的共同首席研究人員Mason博士說:“但是我們真的不知道。它有可能使得其他的蛋白質(zhì)結(jié)合到了mRNA上,或是使得這些mRNAs加入到了全新的調(diào)控信號通路中。我們的生物信息學(xué)分析提供了一些線索關(guān)于甲基化作用對RNA功能可能產(chǎn)生的影響。
事實(shí)上在他們的研究中,研究人員已經(jīng)發(fā)現(xiàn)m6A位點(diǎn)經(jīng)常出現(xiàn)在跨越幾個(gè)脊椎動物物種的高度保守的mRNA區(qū)域?!斑@表明m6A位點(diǎn)不僅對于人類非常重要,而且在數(shù)億年的進(jìn)化選擇下保存了下來,因此有可能對于所有動物均至關(guān)重要,”Mason博士說。
“這是首次證實(shí)一個(gè)表觀轉(zhuǎn)錄組(epitranscriptomic)修飾——RNA功能的改變不是由于基本序列改變導(dǎo)致,”他補(bǔ)充說。
Jaffrey 博士說:“這些研究結(jié)果是非常、非常令人興奮和驚嘆的。當(dāng)你想到mRNA已經(jīng)存在了如此之久,然而卻無人意識到,在這段時(shí)間內(nèi),它們以這種方式受到調(diào)控。就在我們的眼皮底下?!?/SPAN>
除了研究m6A如何在細(xì)胞中調(diào)控mRNAs,研究人員現(xiàn)在正將焦點(diǎn)放到鑒別調(diào)控mRNA甲基化的酶和信號通路上。
他們的研究已經(jīng)證實(shí)FTO能夠扭轉(zhuǎn)腺苷甲基化,并表明它對相當(dāng)大比例的細(xì)胞mRNA起作用?!?/SPAN>FTO突變估計(jì)發(fā)生在全球10億人中,是肥胖癥和2型糖尿病的主要病因。我們的研究將mRNA中m6A的水平與這些主要健康問題聯(lián)系到了一起,并首次確定了FTO有可能靶向的mRNAs,”Meyer博士說。
研究人員目前正在致力了解攜帶FTO的患者中的m6A調(diào)控缺陷引起肥胖和代謝性疾病的機(jī)制,他們同時(shí)還在開發(fā)測試迅速鑒別可以抑制FTO活性的化合物。這些化合物有望抑制人類中發(fā)現(xiàn)的過度活性的FTO,有可能促成肥胖和糖尿病的新型療法。
其他的研究共同作者包括康奈爾大學(xué)生理學(xué)和生物物理學(xué)系、Mason博士綜合功能基因組學(xué)實(shí)驗(yàn)室成員Yogesh Saletore和 Paul Zumbo。
康奈爾大學(xué)維爾醫(yī)學(xué)院已經(jīng)提交了一份關(guān)于檢測m6A.技術(shù)的臨時(shí)專利。該研究獲得了美國國家衛(wèi)生研究院基金和Starr癌癥聯(lián)盟(Starr Cancer Consortium)的資助。