來(lái)自芬蘭和德國(guó)的研究人員開發(fā)了一種開放源代碼（open-source）軟件使得處理生物成像數(shù)據(jù)變得更加容易。這一命名為BioImageXD的軟件將有助于分析細(xì)胞和組織的功能。這一軟件開發(fā)項(xiàng)目獲得了芬蘭科學(xué)院（通過(guò)FinNano研究計(jì)劃）、歐盟和芬蘭國(guó)家技術(shù)創(chuàng)新局（Tekes）的資助。1.0版本的BioImageXD已被接收發(fā)表在該領(lǐng)域的頂級(jí)期刊《自然方法》（Nature Methods）上。

尤其，BioImageXD可用于分析分子在細(xì)胞表面的移動(dòng)以及結(jié)合在一起的機(jī)制。擁有這一軟件，科學(xué)家們可以分析細(xì)胞表面的成分，研究癌細(xì)胞如何在一個(gè)三維環(huán)境中擴(kuò)散，或是測(cè)量病毒和靶向藥物進(jìn)入細(xì)胞的有效性。這樣的計(jì)算之前根本無(wú)法做到。

近年來(lái)，利用新型專門顯微鏡進(jìn)行細(xì)胞和組織成像已經(jīng)很大程度上推動(dòng)生物科學(xué)和生物醫(yī)學(xué)的研究。這些新方法還實(shí)現(xiàn)了對(duì)活細(xì)胞開展研究。然而顯微成像并不能顯示，需要轉(zhuǎn)換為三維模型。這些3D渲染（rendering）攜帶顯著的權(quán)重，然而可靠的科學(xué)數(shù)據(jù)還需要能夠隨后用于數(shù)學(xué)計(jì)算的數(shù)值。此外，這些擁有極大數(shù)據(jù)集的計(jì)算必須是可行的。

到目前為止，缺乏合適的軟件阻礙了這一發(fā)展。為了解決這一問(wèn)題，圖爾庫(kù)的研究人員Jyväskylä 和 Dresden為處理成像數(shù)據(jù)的軟件制定了精確的規(guī)格。一個(gè)關(guān)鍵的標(biāo)準(zhǔn)是軟件將建立在開放源代碼原理基礎(chǔ)上，所有研究人員可以免費(fèi)獲取。

這項(xiàng)工作促成了BioImageXD，由于其靈活性和開放源代碼特性這一軟件程序得到了來(lái)自世界各地成百上千研究人員的正面反饋。

從廣泛開發(fā)到測(cè)試成功

BioImageXD的一個(gè)獨(dú)特之處在于可用于構(gòu)建全新的分析方法（用于甚至不需要編程技能），同時(shí)處理成千上萬(wàn)的圖像，分析數(shù)以百萬(wàn)的分子。對(duì)比測(cè)試表明相比于其他類似的程序BioImageXD更快更敏感。

BioImageXD軟件開發(fā)始于10年前，由芬蘭于韋斯屈萊大學(xué)Jyrki Heino領(lǐng)導(dǎo)的研究小組自那時(shí)以來(lái)與Varpu Marjomäki研究小組和來(lái)自德國(guó)馬普分子細(xì)胞生物學(xué)與遺傳學(xué)研究所的Daniel White展開了積極的合作。

主要的開發(fā)工作由先任職圖爾庫(kù)生物技術(shù)中心的細(xì)胞成像核心協(xié)調(diào)員Pasi Kankaanpää領(lǐng)導(dǎo)。

這一BioImageXD軟件將刊載在《Nature Methods》特殊專題的顯著位置上，其側(cè)重于生物醫(yī)學(xué)圖像的處理。