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JCB:發(fā)布細(xì)胞生物學(xué)“Google地圖”

日期:2012-08-08 08:17:54

通過(guò)Google地圖我們動(dòng)動(dòng)鼠標(biāo)就可以從地球全景圖拉近到自家后院,近日荷蘭Leiden大學(xué)醫(yī)學(xué)中心的科學(xué)家們?cè)?/SPAN>Journal of Cell Biology雜志上發(fā)布了細(xì)胞生物學(xué)的“Google地圖”,并將其稱為虛擬納米顯微鏡?,F(xiàn)在人們可以通過(guò)該成果從整個(gè)胚胎的生物組織全景放大到各個(gè)亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)進(jìn)行觀察,這都要?dú)w功于近年來(lái)電鏡和圖像處理技術(shù)的發(fā)展。您只需要升級(jí)到JCB基于瀏覽器的圖像顯示工具JCB DataViewer (http://jcb-dataviewer.rupress.org),就可以取得這些公共數(shù)據(jù)資源用于研究。

 

早在細(xì)胞生物學(xué)的初期,電鏡就幫助人們揭示了細(xì)胞的精細(xì)結(jié)構(gòu)。不過(guò)這一技術(shù)也存在局限,因?yàn)楦叻直媛孰婄R觀察只能在一張圖像中捕捉到細(xì)胞的一小部分,使研究人員很難將觀察到的結(jié)構(gòu)與細(xì)胞整體關(guān)聯(lián)起來(lái),更不必說(shuō)細(xì)胞所處的組織或器官了。而另一方面,以較低的分辨率觀察樣品能得到細(xì)胞或組織的較大圖像,但又不能同時(shí)觀察到精細(xì)的亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)。

 

現(xiàn)在Leiden大學(xué)醫(yī)學(xué)中心的Frank G.A. Faas等科學(xué)家們解決了這一問(wèn)題,他們開發(fā)了新工具將成千上萬(wàn)的電鏡圖像結(jié)合在一起形成了生物組織的高分辨率圖像,人們可以通過(guò)新版JCB DataViewer查看他們的數(shù)據(jù)。

 

研究人員將他們的新成果形容為“虛擬納米顯微鏡”,研究人員將超過(guò)26,000張圖像結(jié)合生成了近乎完整斑馬魚胚胎的十億像素級(jí)電鏡圖像,分辨率達(dá)到了每英寸一千六百萬(wàn)像素。任何人都能使用JCB DataViewer1.5毫米長(zhǎng)斑馬魚胚胎的整體圖放大到各亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)進(jìn)行觀察。該文章發(fā)表在八月六日的JCB雜志上。

 

此外,研究人員還利用這一虛擬納米顯微鏡分析了內(nèi)皮細(xì)胞多糖復(fù)合物在腎小球?yàn)V過(guò)膜蛋白滲漏中的作用,對(duì)溶瘤呼腸孤病毒在人樹突細(xì)胞中的內(nèi)化進(jìn)行了金標(biāo)研究,并對(duì)完整的小鼠胚胎細(xì)胞進(jìn)行了冷凍電鏡研究。

 

這一研究成果整合了跨細(xì)胞和組織的信息,將能為細(xì)胞生物學(xué)研究帶來(lái)難得的機(jī)遇。由于這種大型圖片很復(fù)雜,要獲得Faas等人的研究數(shù)據(jù)必須要升級(jí)到JCB DataViewer。這是JCB發(fā)布于2008年的瀏覽器圖像平臺(tái),旨在促進(jìn)其發(fā)表文章中的原始數(shù)據(jù)分享。

 

“實(shí)驗(yàn)中既然成像了,就應(yīng)該要發(fā)表,”JCB主編Liz Williams說(shuō)。作為一個(gè)雜志,“JCB將繼續(xù)致力于開發(fā)前沿工具,以便將推動(dòng)細(xì)胞生物學(xué)領(lǐng)域發(fā)展的數(shù)據(jù)呈現(xiàn)出來(lái)?!?/SPAN>