來自北卡羅來納大學(xué)教堂山分校，NIH等處的研究人員利用一種新型方法，分析了酵母轉(zhuǎn)錄因子Rap1在整個基因組中的結(jié)合動態(tài)，從而可以更好研究這一轉(zhuǎn)錄因子的功能，這一方法將有助于科學(xué)家們實(shí)時分析轉(zhuǎn)錄情況，相關(guān)成果公布在Nature雜志上。

對于這一成果，來自法國國家科學(xué)研究中心的François Parcy表示，在生物學(xué)中，了解轉(zhuǎn)錄調(diào)控的規(guī)律發(fā)展十分重要，譬如染色質(zhì)免疫共沉淀測序技術(shù)（chromatin immunoprecipitation (ChIP)-seq）或者外顯子測序技術(shù)（ChIP-exo）之類的方法，能極大的方便全基因組水平，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的識別……

而另外來自加州大學(xué)圣地亞哥分校的Trey Ideker和Rohith Srivas則認(rèn)為，染色質(zhì)免疫共沉淀微陣列技術(shù)（chromatin immunoprecipitation on array, ChIP-chip）或者ChIP-seq都可能擴(kuò)展轉(zhuǎn)錄因子TF-DNA相互作用圖譜繪制，但是傳統(tǒng)的ChIP-seq只是檢測到一個TF的比率，無法提出關(guān)于相互作用動力學(xué)，或者相互作用強(qiáng)度的信息。

這一最新研究則研發(fā)了一種被稱為“競爭ChIP”的新方法，這種方法能對DNA-蛋白相互作用的動態(tài)作出反應(yīng)，他們利用這種方法測量了酵母轉(zhuǎn)錄因子Rap1在整個基因組中的結(jié)合動態(tài)。

研究人員發(fā)現(xiàn)了一系列不同的駐留時間，其中較慢的Rap1動態(tài)與轉(zhuǎn)錄激發(fā)耦合在一起，較快的動態(tài)與低表達(dá)水平耦合在一起。因此，對于傳統(tǒng)ChIP分析來說，看似相同的DNA-結(jié)合事件也可能會導(dǎo)致相反的功能后果。

之前這一研究組曾與其他研究者合作，對染色質(zhì)免疫共沉淀微陣列技術(shù)（chromatin immunoprecipitation on array, ChIP-chip）進(jìn)行了一次系統(tǒng)的分析測評。這項(xiàng)測評工作向人們提供了關(guān)于染色質(zhì)免疫共沉淀微陣列技術(shù)的權(quán)威信息，并讓研究人員深刻認(rèn)識到該項(xiàng)技術(shù)的優(yōu)勢與局限之處。

測評工作的一個核心因素是測評所采用的樣品，研究人員仔細(xì)合成了2種各包含約100個插入（spike-in）序列的基因組DNA，這些插入序列按一系列已知的摩爾比參雜于其中。各組研究人員在檢測這些樣品時并不知道這些插入序列的性質(zhì)、定量范圍甚至數(shù)目。這次系統(tǒng)分析結(jié)果表明，該微陣列方法著實(shí)可靠有效。他們認(rèn)為染色質(zhì)免疫共沉淀微陣列技術(shù)令人印象格外深刻的一點(diǎn)是它不僅能發(fā)現(xiàn)靶基因，而且還能確定它們的豐度。

“F1000（Faculty of 1000 Medicine）”又名“千名醫(yī)學(xué)家”，是由美國哈佛大學(xué)和英國劍橋大學(xué)等全世界2500名國際頂級醫(yī)學(xué)教授組成的國際權(quán)威機(jī)構(gòu)。