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2013值得關(guān)注的技術(shù):納米孔測(cè)序儀

日期:2013-01-03 09:06:31

Nature Methods》雜志將2012年度技術(shù)授予了定向蛋白質(zhì)組學(xué)(targeted proteomics)。同時(shí),雜志還介紹了2013年值得關(guān)注的技術(shù),包括納米孔測(cè)序儀Disruptive nanopores)、微生物組功能研究(Probing microbiome function)、近紅外探針(Near-infrared probes)、干細(xì)胞體外微環(huán)境(In vitro niches)等等。

 

在介紹納米孔測(cè)序儀時(shí),《Nature Methods》使用了顛覆性(disruptive)一詞來(lái)形容納米孔。早在2007年,DNA測(cè)序技術(shù)就曾因令人驚嘆的改進(jìn)而被選為當(dāng)年的年度技術(shù)。到了2011年,測(cè)序技術(shù)的改進(jìn)實(shí)現(xiàn)了大規(guī)模并行化,使得人類基因組可在單次運(yùn)行中測(cè)序;Ion Torrent技術(shù)平臺(tái)不再依靠光學(xué)設(shè)備來(lái)讀取堿基,取而代之的是離子傳感;而單分子測(cè)序技術(shù)也產(chǎn)生了非常長(zhǎng)的讀取。而就在這個(gè)充滿了創(chuàng)新的高通量測(cè)序領(lǐng)域,還“潛伏”著一個(gè)更具顛覆性的技術(shù)。

 

Oxford Nanopore Technologies公司在2012基因組生物學(xué)技術(shù)進(jìn)展年會(huì)(AGBT)上宣布推出第一款商業(yè)化的納米孔測(cè)序儀,引起了科學(xué)界的極大關(guān)注。納米孔測(cè)序有望解決目前測(cè)序平臺(tái)的不足:讀長(zhǎng)很長(zhǎng),大約在幾十kb,甚至100 kb;錯(cuò)誤率目前介于1%4%,且是隨機(jī)錯(cuò)誤,而不是聚集在讀取的兩端;數(shù)據(jù)可實(shí)時(shí)讀??;通量很高(GridION有望在一天內(nèi)以30倍覆蓋度測(cè)序人類基因組);起始DNA在測(cè)序過程中不被破壞;以及樣品制備簡(jiǎn)單又便宜。

 

雜志指出,2013年我們將看到第一臺(tái)商業(yè)化的納米孔測(cè)序儀。在這臺(tái)儀器中,單條DNA鏈將穿過蛋白孔,而第二種蛋白質(zhì)將控制穿過的速度。隨著堿基穿過納米孔,它們改變了電流,帶來(lái)特定的堿基組合。在理想的情況下,人們會(huì)看到每個(gè)堿基的典型模式,但目前的儀器將產(chǎn)生堿基三聯(lián)體特有的模式,還需要通過計(jì)算機(jī)去卷積。這些模式也不限于四種DNA堿基,納米孔測(cè)序儀還能檢測(cè)甲基化和羥甲基化的堿基,理論上,它也能直接測(cè)序RNA。

 

年底,Oxford Nanopore在美國(guó)人類遺傳學(xué)協(xié)會(huì)的年會(huì)上展示了納米孔測(cè)序儀的真機(jī),但并未公布任何數(shù)據(jù)。也許,在2013年,我們將揭開納米孔測(cè)序儀的神秘面紗,并期待更多成果發(fā)表。