Science新突破:RNA折紙技術(shù)誕生
日期:2014-08-18 10:30:04
Aarhus大學和加州理工的科學家們發(fā)明了RNA折紙技術(shù)(RNA origami),將一條RNA鏈編織成為多種復(fù)雜的結(jié)構(gòu)。這一突破性成果發(fā)表在本周的Science雜志上。
與現(xiàn)有DNA折紙技術(shù)不同的是,RNA折紙需要RNA聚合酶的參與,大量RNA可以同時折疊成指定形狀。另外,RNA折紙可以在活細胞中進行,利用細胞中的酶進行生產(chǎn)。
研究人員通過3D模型和計算機軟件進行RNA折紙的設(shè)計,然后合成編碼RNA鏈的DNA(基因)。在這些DNA中簡單添加RNA聚合酶,RNA折紙就能自動進行,這一過程可以在原子力顯微鏡下觀察到。
為了展示這一技術(shù),研究人員將RNA折疊成為蜂巢結(jié)構(gòu),當然RNA折紙還可以形成許多其他的結(jié)構(gòu)。“蜂巢狀結(jié)構(gòu)在顯微鏡下很容易觀察到。我們甚至捕捉到了聚合酶制造RNA組裝蜂巢的過程,它們看起來就像是一群小蜜蜂。”Aarhus大學的博士后Cody Geary說。
DNA折紙已經(jīng)差不多有十年歷史了,然而RNA與DNA相比有著一些重要的優(yōu)勢。“DNA折紙很難寫入生物的基因組。而RNA折紙可以作為一個基因存在,然后由RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄成RNA,” DNA折紙技術(shù)的發(fā)明者,加州理工的Paul Rothemund教授解釋道,他也是這項新研究的作者之一。
“DNA折紙技術(shù)成本高,而且只能在細胞外進行。但RNA折紙能夠大量生產(chǎn),我們只需要培養(yǎng)攜帶著相應(yīng)基因的細菌。”Rothemund補充道。
“這一技術(shù)目前的主要應(yīng)用是,為蛋白等微觀部件搭建腳手架。例如在這種腳手架的基礎(chǔ)上建立微觀的化工廠,”文章的通訊作者,Aarhus大學的助理教授Ebbe Andersen說。
RNA怎樣折疊?RNA由A、U、C、G組成,單鏈RNA可以在堿基配對的基礎(chǔ)上折疊起來。RNA中的最強配對是G-C、A-U和G-U,不過RNA也能形成其他的配對。DNA只能是G-C和A-T配對,因此RNA的功能性更強,設(shè)計起來也更為復(fù)雜。天然RNA本來就會自我折疊,形成復(fù)雜的功能性結(jié)構(gòu)。研究人員根據(jù)這些天然結(jié)構(gòu),鑒定了由A、U、C、G組成的3D模塊,然后將這些模塊當作積木,進而實現(xiàn)RNA折紙。
怎樣設(shè)計RNA折紙?RNA折紙的設(shè)計是在計算機的幫助下完成的。設(shè)計者將RNA螺旋和3D模塊結(jié)合起來,在3D模擬環(huán)境中組成一條鏈,然后通過計算機軟件決定剩余的序列。研究者將這個RNA序列轉(zhuǎn)換為DNA,并合成相應(yīng)的DNA鏈。這時RNA聚合酶就可以根據(jù)DNA序列,生成大量設(shè)計好的RNA結(jié)構(gòu)。