Nature關(guān)注遺傳學(xué)新動向:人類基因敲除研究
日期:2014-10-31 08:46:29
數(shù)十年來,生物學(xué)家們一直在小鼠或其他動物模型中,通過失活目的基因來進(jìn)行功能研究?,F(xiàn)在這種基因敲除(knockout)研究有了更理想的模型,那就是人類。
當(dāng)然,這并不是說像處理小鼠那樣,對人類進(jìn)行遺傳學(xué)改造。事實(shí)上,研究者們是通過分析成百上千的人類基因組,在其中尋找失活某個(gè)基因的天然突變。他們希望通過了解這些突變對健康的影響,找到基礎(chǔ)生物學(xué)和疾病治療的新線索。
在上周美國人類遺傳學(xué)會的會議上,遺傳學(xué)家們探討了好幾個(gè)這樣的大型研究。“我們現(xiàn)有知識很多都是基于小鼠和大鼠,而不是人類,”麻省總醫(yī)院的基因組學(xué)家Daniel MacArthur說。他的研究團(tuán)隊(duì)通過排查九萬多人的外顯子組,鑒定了差不多十五萬天然的被敲除基因。
對于特定基因來說,出現(xiàn)敲除突變是比較罕見的,所以這類研究需要很大的群體。功能缺失性突變一直被認(rèn)為與疾病有關(guān),但實(shí)際上絕大多數(shù)這樣的天然突變是無害的,有些甚至還對攜帶者有益。
之前研究者們的注意力主要集中在基因組數(shù)據(jù)上,現(xiàn)在他們開始將健康檔案利用起來,希望了解更細(xì)微的突變影響。MacArthur團(tuán)隊(duì)今年七月曾發(fā)表了一項(xiàng)針對三萬六千多名芬蘭人的研究,發(fā)現(xiàn)缺乏LPA基因的人受到了某種保護(hù)不容易得心臟病。另外,多達(dá)2.4%的芬蘭人攜帶一個(gè)特殊基因的單拷貝突變,如果兩個(gè)拷貝都突變就會導(dǎo)致流產(chǎn)。
德克薩斯大學(xué)的Bing Yu及其同事將一千三百多人的敲除突變與他們血液中的分子進(jìn)行了比較。他們發(fā)現(xiàn)SLCO1B1基因突變與高水平的脂肪酸有關(guān),而高水平脂肪酸是心力衰竭的一個(gè)重要風(fēng)險(xiǎn)因子。此外,Wellcome Trust Sanger研究所的研究團(tuán)隊(duì)指出,會導(dǎo)致小鼠死亡的43個(gè)基因失活突變,對人類健康沒有影響。
MacArthur等研究者們認(rèn)為,這類研究有助于解析成千上萬個(gè)人類基因的功能,甚至還能找到有保護(hù)作用的基因或生物學(xué)通路,為藥物研發(fā)提供幫助。
一種阻斷PCSK9基因的新藥就是一個(gè)典型的例子。2000年的時(shí)候,人們在膽固醇水平特別高的法國家庭中鑒定到了這一基因。很快研究者們發(fā)現(xiàn),令PCSK9單拷貝失活的罕見突變,能使人保持低膽固醇避免出現(xiàn)心臟病。首個(gè)PCSK9阻斷性藥物預(yù)計(jì)將在明年上市。
“我相信,應(yīng)該還有成百上千與PCSK9類似的情況”,可以用藥物模擬有益的功能缺失性突變,Scripps轉(zhuǎn)化科學(xué)研究所的主管Eric Topol說。他預(yù)計(jì),人類敲除突變將特別有助于開發(fā)藥物治療老年病。
人類敲除突變的數(shù)據(jù)也能幫助人們解讀越來越龐雜的基因組測序數(shù)據(jù),倫敦癌癥研究所的Nazneen Rahman說。她的研究團(tuán)隊(duì)分析了一千名英國人的敲除突變,“這類突變比人們之前想象的要普遍得多”。
當(dāng)醫(yī)生通過基因組測序診斷未知疾病時(shí),任何敲除突變都將成為嫌犯。鑒定人體內(nèi)的這些突變,明確它們對健康的實(shí)際影響,將有助于找到真正的病因,Rahman說。
MacArthur團(tuán)隊(duì)上周發(fā)布了大約六萬三千人的敲除突變數(shù)據(jù),這些信息已經(jīng)被其他團(tuán)隊(duì)利用起來了。Baylor醫(yī)學(xué)院的John Belmont在此基礎(chǔ)上發(fā)現(xiàn),自己的研究中有11人攜帶與Marfan綜合癥有關(guān)的突變。這種疾病主要影響結(jié)締組織,如果未得到治療可能會引起突發(fā)的心力衰竭。
不過,這些人也不一定會發(fā)病。他們可能受到了某種機(jī)制的保護(hù),或者基因組測序時(shí)出現(xiàn)了差錯。攜帶致病突變但又不發(fā)病的人最值得關(guān)注,“他們體內(nèi)可能隱含著疾病治療的關(guān)鍵線索”Belmont說。
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