長非編碼RNA（lncRNA）是長達兩百個核苷酸以上的轉(zhuǎn)錄本，絕大多數(shù)位于細胞核內(nèi)。雖然lncRNA沒有編碼任何蛋白質(zhì)，但它們在不同組織和發(fā)育階段的表達依然具有特異性，這說明lncRNA具有重要的生物學意義。在測序技術(shù)的幫助下，人們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了數(shù)千種lncRNA，但這些lncRNA的生物學功能依然還是個謎。

眾所周知，要了解一個分子的功能，應(yīng)該去尋找它的搭檔。2011年，斯坦福大學的Howard Chang教授開發(fā)了ChIRP技術(shù)（chromatin isolation by RNA purification），該技術(shù)可以在全基因組范圍內(nèi)鑒定RNA與染色質(zhì)的互作，被不同領(lǐng)域的研究者們廣泛采用。

非編碼RNA（ncRNA）往往與蛋白質(zhì)協(xié)作，生成復(fù)雜的結(jié)構(gòu)，并參與細胞調(diào)控。 為了揭示非編碼RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體（RNP）的組成和動態(tài)，Howard Chang教授最近在ChIRP的基礎(chǔ)上開發(fā)了質(zhì)譜分析技術(shù)ChIRP-MS。這是一種RNA導(dǎo)向的蛋白質(zhì)組學技術(shù)（RNA-directed proteomics），能夠全面鑒定特定非編碼RNA的結(jié)合蛋白。這一成果發(fā)表在四月二日的Cell雜志上。

Howard Chang教授曾入選HHMI2009年早期職業(yè)科學家項目（2009 Early Career Scientist Program），獲得百萬美元資助。這項計劃會在6年中為每一位入選科學家提供包括薪酬，福利和研究預(yù)算在內(nèi)的，超過150萬美元的經(jīng)費支持，這些科學家也會被聘為霍華德休斯醫(yī)學研究院的全職研究員。近幾年Howard Chang教授多次在Nature等頂級期刊上發(fā)表成果。

研究人員在這項研究中用ChIRP-MS分析了四種ncRNA，捕捉到了與它們發(fā)生互作的關(guān)鍵蛋白。Xist是X染色體失活（XCI）所必需的lncRNA。研究顯示，在X染色體失活的過程中，Xist lncRNA分兩步與多達81種蛋白結(jié)合，包括染色質(zhì)修飾蛋白、細胞核基質(zhì)蛋白、以及RNA重塑通路（RNA remodeling pathway）中的蛋白。舉例來說，蛋白HnrnpK參與了Xist介導(dǎo)的基因沉默和組蛋白修飾，蛋白Spen與基因沉默有關(guān)。

這項研究為人們提供了一個研究非編碼RNA的有力工具，并由此展示了Xist lncRNA在X染色體失活中起到的具體作用。