華人學(xué)者推出CRISPR新設(shè)計(jì)工具
日期:2015-11-05 10:54:36
細(xì)菌一直在與病毒或入侵核酸進(jìn)行斗爭(zhēng),為此它們演化出了多種防御機(jī)制,CRISPR/Cas適應(yīng)性免疫系統(tǒng)就是其中之一。規(guī)律成簇的間隔短回文重復(fù)CRISPR與內(nèi)切酶Cas9的組合,可以在引導(dǎo)RNA的指引下,靶標(biāo)并切割入侵者的遺傳物質(zhì)。
2012年研究者們利用這一特點(diǎn),將CRISPR系統(tǒng)發(fā)展成了強(qiáng)大的基因組編輯工具。該系統(tǒng)使用簡(jiǎn)單而且擴(kuò)展性強(qiáng),很快便成為了生物學(xué)領(lǐng)域的香餑餑。2015年基因組編輯熱潮在持續(xù)發(fā)酵,CRISPR/Cas9仍舊是最引人注目的話題之一,相關(guān)論文被大量下載和引用。
然而CRISPR/Cas9系統(tǒng)的應(yīng)用還存在一個(gè)很大的問(wèn)題,那就是缺乏設(shè)計(jì)引導(dǎo)RNA(sgRNA)的有效生物信息學(xué)工具。為了解決這一迫切的需要,華盛頓大學(xué)的王小偉(Xiaowei Wang)博士領(lǐng)導(dǎo)研究團(tuán)隊(duì)揭示了功能性引導(dǎo)RNA的特點(diǎn),為人們提供了設(shè)計(jì)引導(dǎo)RNA的新工具。這一成果發(fā)表在十一月二日的Genome Biology雜志上。
幾乎所有實(shí)驗(yàn)室都可以很方便的進(jìn)行CRISPR基因組編輯,你只需要在自己感興趣的細(xì)胞或生物中表達(dá)Cas9內(nèi)切酶和引導(dǎo)RNA(gRNA)。內(nèi)切酶Cas9會(huì)在gRNA的指導(dǎo)下引入位點(diǎn)特異性的雙鏈斷裂,然后細(xì)胞通過(guò)同源重組進(jìn)行修復(fù),最終改寫(xiě)基因組的特定位點(diǎn)。
研究人員對(duì)CRISPR RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,鑒定了許多代表高效sgRNA的新特征。他們?cè)诖嘶A(chǔ)上開(kāi)發(fā)了一個(gè)生物信息學(xué)工具,可以幫助研究者們?cè)O(shè)計(jì)更加有效的sgRNA。這些sgRNA和設(shè)計(jì)工具可以在WU-CRISPR網(wǎng)頁(yè)上免費(fèi)獲取。
下一篇: 一類(lèi)蛋白可能是自閉癥的根源