在上世紀(jì)80年代，當(dāng)時(shí)艾滋病在美國(guó)的同志群內(nèi)快速傳播，死亡患者中有個(gè)無(wú)人不知、惡名遠(yuǎn)播的天字0號(hào)病人“Patient Zero”。他名字叫Gaeten Dugas，是一名來(lái)自加拿大魁北克的機(jī)艙服務(wù)員，他被認(rèn)為是美國(guó)艾滋病病毒傳播的源頭之一。然而10月26日Nature雜志公布的一項(xiàng)最新研究表明，艾滋病病毒其實(shí)首先是在上個(gè)世紀(jì)70年代左右從海地傳播到了紐約，然后在70年代中期擴(kuò)散到了舊金山等處。

這組研究人員完成了來(lái)自1978-1979年間的8個(gè)樣品的HIV病毒完整基因組測(cè)序，這是首個(gè)1981年前北美地區(qū)HIV病毒測(cè)序研究，通過(guò)分子鐘與系統(tǒng)進(jìn)化分析，研究人員確定了艾滋病病毒是在70年代左右從海地傳播到了紐約，再傳播到舊金山等處。

其中一份樣品來(lái)自Gaëtan Dugas，從美國(guó)艾滋病毒進(jìn)化樹中可以看出他并不是艾滋病病毒最初在美國(guó)傳播的罪魁禍?zhǔn)住?span lang="EN-US">

同時(shí)研究人員還指出，美國(guó)疾控中心(CDC) 的調(diào)查人員中心最初將Dugas稱為“Patient Zero”，是為了表明他居住在“加州以外”，并沒(méi)有指向他為HIV第一例感染，只是之后被誤傳而已。

此次研究中的一個(gè)關(guān)鍵在于樣品的恢復(fù)，文章作者，亞利桑那大學(xué)的Michael Worobey表示，“眾所周知，之前的血清樣品由于RNA會(huì)降解而難以恢復(fù)。”

為了從HIV毒株中找到北美地區(qū)的基因組，Worobey等人研發(fā)出了一種新技術(shù)，他們將其命名為RNA “jackhammering”技術(shù)，即利用許多不同的引物擴(kuò)增多個(gè)池中的短片段RNA，這樣每個(gè)池中創(chuàng)建的部分基因組就能重疊，合在一起這些短片段能填滿完整的基因組。

“這個(gè)技術(shù)方法真是絕了，”來(lái)自西北大學(xué)Evanston醫(yī)學(xué)院的Steven Wolinsky（未參與該項(xiàng)研究），“得到的數(shù)據(jù)很好，分析結(jié)果驚人。”

研究人員通過(guò)比對(duì)八個(gè)恢復(fù)后的基因組與參考艾滋病毒基因組，構(gòu)建了B亞型HIV基因組進(jìn)化樹，發(fā)現(xiàn)舊金山的患者來(lái)自紐約，而且紐約樣品毒株要比舊金山的遺傳多樣性多，這表明前者變異的更早。來(lái)自海地的B亞型基因組差別最大，因此可能是美國(guó)毒株的起源，分子鐘數(shù)據(jù)表明海地的HIV來(lái)自非洲，也就是HIV的最初發(fā)源地。