中國(guó)科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院計(jì)算生物學(xué)研究所楊力研究組受邀在《分子細(xì)胞》（Molecular Cell）發(fā)表了題為RNA structure switches RBP binding 的專評(píng)文章，對(duì)該刊同期發(fā)表的一項(xiàng)題為RNA sequence context effects measured in vitro predict in vivo protein binding and regulation 的研究進(jìn)行了點(diǎn)評(píng)和推薦。

楊力研究員早年畢業(yè)于蘭州大學(xué)，楊力一直從事轉(zhuǎn)錄組水平的RNA復(fù)雜性及其調(diào)控研究，在RNA可變剪接、RNA反向剪接產(chǎn)生環(huán)形RNA、RNA編輯修飾和長(zhǎng)非編碼RNA等領(lǐng)域發(fā)表了一系列原創(chuàng)性科研成果，多次受邀為Cell、Molecular Cell、WIREs RNA等期刊發(fā)表研究專評(píng)和撰寫綜述。

高等真核生物中的可變剪接可以從一個(gè)前體mRNA分子產(chǎn)生多個(gè)成熟的mRNA分子，極大地拓展了基因功能的多樣性。已有的研究表明，可變剪接受到具有特殊堿基短序列的順式調(diào)控元件（RNA motif）和識(shí)別這些motif的RNA結(jié)合蛋白（RNA binding protein, RBP）調(diào)控。因此，發(fā)現(xiàn)和鑒定具有特殊序列的RNA motif及其相應(yīng)RBP可以預(yù)測(cè)受調(diào)控的可變剪接。

但是，一些最新的生化結(jié)合高通量測(cè)序分析研究表明，體內(nèi)大概只有很少的一部分RNA motif（約15-40%）能夠與其相應(yīng)的RBP結(jié)合。這提示，除了motif自身的特殊堿基序列以外，還有一些其它的序列／結(jié)構(gòu)特征能夠影響RNA motif與相應(yīng)RBP的結(jié)合。在最新一期Molecular Cell上，來(lái)自于美國(guó)MIT的Christopher B. Burge教授實(shí)驗(yàn)室利用多種生化技術(shù)，結(jié)合計(jì)算和進(jìn)化生物學(xué)方法對(duì)這一問(wèn)題進(jìn)行了系統(tǒng)分析，系統(tǒng)揭示了除了具有特殊堿基序列的RNA motif以外，區(qū)域性的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)對(duì)RBP與RNA motif的結(jié)合具有決定性的作用。

這從一方面來(lái)講，當(dāng)RNA motif序列位于RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的單鏈開(kāi)放區(qū)間時(shí)，其與RBP的結(jié)合能力較強(qiáng)，可以顯著地調(diào)控可變剪接的發(fā)生；而從另一方面來(lái)講，當(dāng)RNA motif序列位于RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的雙鏈閉合區(qū)間時(shí)，其與RBP的結(jié)合被抑制，因此不能夠調(diào)控可變剪接的發(fā)生。這一最新的研究成果提示區(qū)域性RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)可以作為調(diào)控RBP結(jié)合RNA motif的重要開(kāi)關(guān)，為進(jìn)一步建立更精確的RNA可變剪接預(yù)測(cè)模型提供了全新的研究基礎(chǔ)。