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Nature:新發(fā)現(xiàn)的“驚奇微生物”解釋真核細(xì)胞復(fù)雜性的起源

日期:2017-01-13 09:05:39

 本周,瑞典烏普薩拉大學(xué)的一個(gè)國際研究小組在《Nature》雜志上發(fā)表的一項(xiàng)新研究中,提出了一組新發(fā)現(xiàn)的微生物,為“復(fù)雜的細(xì)胞生命是如何出現(xiàn)的”提供了新的視角。這項(xiàng)研究對于“數(shù)十億年前,構(gòu)成植物、真菌以及動(dòng)物和人類的復(fù)雜細(xì)胞類型,是如何從更簡單的微生物祖先逐漸演化的”提供了新的細(xì)節(jié)。

 

我們星球上的生命可以分為三大類。其中兩組是微小的微生物——細(xì)菌和古細(xì)菌。第三組生物包括所有可見的生命,如人類、動(dòng)物和真菌——統(tǒng)稱為真核生物。而細(xì)菌和古細(xì)菌的細(xì)胞一般都是小而簡單,真核細(xì)胞則是大型和復(fù)雜的細(xì)胞類型。這些復(fù)雜的細(xì)胞類型的起源一直是科學(xué)界的一個(gè)謎,但現(xiàn)在由烏普薩拉大學(xué)研究人員帶領(lǐng)的一個(gè)國際小組,已經(jīng)確定了一組微生物群,對于“從簡單到復(fù)雜細(xì)胞的進(jìn)化過渡”提供了獨(dú)特的見解。

 

根據(jù)著名生物學(xué)家Carl Woese的開創(chuàng)性工作,人們已經(jīng)知道,在某些時(shí)候真核生物與古細(xì)菌有一個(gè)共同的祖先。很明顯,共生——涉及兩種類型細(xì)胞之間的親密合作的一個(gè)過程,在這個(gè)過程中發(fā)揮了重要作用。大多數(shù)科學(xué)家都認(rèn)為,一種共生關(guān)系——其中是古細(xì)菌宿主細(xì)胞與一種細(xì)菌,最終形成了真核生物。然而,這種共生關(guān)系是復(fù)雜細(xì)胞進(jìn)化的原因?還是結(jié)果?仍然是一個(gè)懸而未決的問題。

 

在《Nature》發(fā)表的這項(xiàng)研究中,來自瑞典烏普薩拉大學(xué)的研究人員,以及來自美國、日本、丹麥和新西蘭的合作者,發(fā)現(xiàn)了一組新的古菌——Asgard archaea,揭示了“真核細(xì)胞如何演變出它們的復(fù)雜性”的重要細(xì)節(jié)。

 

該小組帶頭人、烏普薩拉大學(xué)細(xì)胞和分子生物學(xué)系的Thijs Ettema指出:“復(fù)雜細(xì)胞類型的演變,是一個(gè)漫長而復(fù)雜的過程,但我們卻對其知之甚少。通過使用新的方法,從無法在實(shí)驗(yàn)室里培養(yǎng)的微生物得到基因組數(shù)據(jù),我們確定了一組新的古細(xì)菌,與演化出真核細(xì)胞的宿主細(xì)胞相關(guān)。這是非常激動(dòng)人心的時(shí)刻。”

 

2015年,Thijs Ettema和他的同事們發(fā)表了一項(xiàng)突破性的研究,這項(xiàng)研究根據(jù)基因組數(shù)據(jù)描述了“Loki”,一種生活在海底的古菌,代表著復(fù)雜細(xì)胞生命最近緣的微生物。在目前的研究中,研究人員證實(shí)了這些以前的研究結(jié)果,并介紹了幾個(gè)新的Loki相關(guān)的古菌。

 

Thijs Ettema說:“這些生物是跟我們關(guān)系最近的微生物,我們對它們一無所知。目前的方法讓我們窺見了遺傳學(xué)的一角。這真的很令人興奮!”。

 

論文的共同作者、烏普薩拉大學(xué)細(xì)胞與分子生物學(xué)系的Jimmy Saw說:“我們的發(fā)現(xiàn)是基于對從環(huán)境中直接獲得的遺傳物質(zhì)的分析。我們實(shí)際上從未見過這些細(xì)胞。我們將這些新的古菌命名為Thor、OdinHeimdall,與Loki一起,它們形成了Asgard archaea。有趣的是,這些新的群體是在全世界各種環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的,不僅僅是在深海里。到目前為止,它們在沉積物中最為豐富。”

 

該研究提供了有力的證據(jù)表明,真核生物是從與這些Asgard archaea近緣的一個(gè)譜系進(jìn)化而來的。

 

另一個(gè)共同第一作者Kasia Zaremba Niedzwiedzka說:“在生命之樹上,Asgard archaea與真核生物形成一個(gè)良好支持的分組。這表明,它們有一個(gè)共同的祖先。這部分研究相當(dāng)復(fù)雜,我們顯然會(huì)從更多的數(shù)據(jù)獲益。這不是故事的結(jié)尾,而恰恰相反是故事的開始!”

 

但是,當(dāng)以更詳細(xì)的細(xì)節(jié)分析Asgard基因組時(shí),研究人員發(fā)現(xiàn)了最大的驚奇。

 

烏普薩拉大學(xué)細(xì)胞和分子生物學(xué)系的研究人員Anja Spang說:“我們發(fā)現(xiàn),Asgard archaea與真核生物共享許多基因,包括參與真核細(xì)胞結(jié)構(gòu)形成、賦予真核生物細(xì)胞復(fù)雜特性的幾個(gè)基因。因此,這種基因,迄今只發(fā)現(xiàn)在真核生物中,表明這些古菌不知何故準(zhǔn)備變得復(fù)雜化。然而,這到底是如何發(fā)生的,目前還不是很明確。”

 

更詳細(xì)地對Asgard archaea進(jìn)行研究,是Thijs Ettema和他的研究小組的一個(gè)優(yōu)先目標(biāo)。目前的研究表明,這些細(xì)菌能夠生存在更多的環(huán)境中,而不是像以前認(rèn)為的在海底。這使得這個(gè)目標(biāo)更容易實(shí)現(xiàn)。

 

Thijs Ettema總結(jié)道:“如果我們可以分離或培養(yǎng)Thijs Ettema細(xì)胞,并在顯微鏡下研究它們,這將是極好的。我相信,這將揭示關(guān)于復(fù)雜細(xì)胞進(jìn)化的更多重要線索。最終我們會(huì)發(fā)現(xiàn)微生物的祖先。”