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Nature頭條:解密剪接密碼 預(yù)測(cè)DNA動(dòng)向

日期:2010-05-07 13:03:02

來自多倫多大學(xué)生物醫(yī)藥工程,電氣和計(jì)算機(jī)工程系等處的研究人員發(fā)現(xiàn)了為什么有限數(shù)目的人體基因能夠產(chǎn)生出如此巨大數(shù)量的遺傳信息的奧秘,這對(duì)于了解一些人類疾病突變具有重要的意義。這一研究成果公布在Nature雜志封面上。

領(lǐng)導(dǎo)這一研究的是多倫多大學(xué)Benjamin J. Blencowe和Brendan J. Frey,前者是選擇性剪接方面的專家,而后者主要方向是計(jì)算機(jī)方面,曾在Science上發(fā)表文章,解析研究成果。

科學(xué)家很早以前就知道,同一基因能夠通過選擇性拼接(Alternative splicing)制造出同一蛋白的不同形態(tài)。而脊椎動(dòng)物基因組的編碼能力通過交替剪接大大增強(qiáng),這使單個(gè)基因能夠產(chǎn)生一個(gè)以上截然不同的蛋白。交替剪接決定遺傳信息如何控制細(xì)胞過程,而很多人類疾病突變都影響剪接。能夠從基因組序列數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)不同交替剪接的信使RNA的表達(dá),是基因表達(dá)領(lǐng)域人們所長期追尋的一個(gè)目標(biāo)。

在這篇文章中,研究人員利用新的計(jì)算機(jī)輔助生物分析方法,解密了基因組中密碼,這種密碼包含了各種生物學(xué)法則,能對(duì)一些重要過程進(jìn)行支配管理,比如復(fù)制于單個(gè)基因的一個(gè)遺傳信息的各個(gè)分離部分,可以不同方式剪接在一起,產(chǎn)生出不同的遺傳信息。科學(xué)家舉例說,3個(gè)神經(jīng)黏結(jié)分子基因能夠產(chǎn)生3000個(gè)幫助控制大腦網(wǎng)絡(luò)的遺傳信息。

這種剪接密碼能準(zhǔn)確預(yù)測(cè)數(shù)百個(gè)RNA特征是怎樣協(xié)同工作來調(diào)控?cái)?shù)千個(gè)外顯子依賴于組織的交替剪接的。這個(gè)代碼已被用來預(yù)測(cè)交替剪接在發(fā)育和神經(jīng)過程中會(huì)怎樣發(fā)揮重要作用,并且為了解剪接調(diào)控的機(jī)制提供了線索。該代碼還被集成到了一個(gè)網(wǎng)絡(luò)工具中,它使研究人員能夠掃描未定性的外顯子和內(nèi)顯子序列,預(yù)測(cè)依賴于組織的剪接模式。

之前Benjamin J. Blencowe博士還發(fā)現(xiàn)選擇性拼接的發(fā)生比先前估計(jì)的要普遍得多,他們的研究證明大約94%的人類基因會(huì)制造出同一蛋白的不同形態(tài)。同一蛋白質(zhì)的不同形態(tài),會(huì)有不同甚至是完全相反的功能。

研究人員從20個(gè)人的10種組織和5種細(xì)胞系中提取了信使RNA,發(fā)現(xiàn)選擇性拼接的發(fā)生比先前估計(jì)的要普遍得多,這一結(jié)果為將來研究癌細(xì)胞等特定組織中選擇性蛋白的作用鋪平了道路。