2010年8月，中國科學(xué)院昆明植物研究所植物種質(zhì)資源與基因組學(xué)研究中心中科院“百人計劃”和云南省首屆高端科技人才入選者高立志研究員帶領(lǐng)的植物種質(zhì)資源、基因組學(xué)與生物信息學(xué)團(tuán)隊(duì)，歷時一年，運(yùn)用新一代高通量測序技術(shù)以及基于高性能超算的生物信息學(xué)分析，對野生稻全基因組測序取得了階段性重大成果。日前已經(jīng)完成了普通野生稻基因組高覆蓋的序列測定、拼接和組裝工作，獲得了普通野生稻全基因組從頭測序的框架圖，基因組圖譜已達(dá)到國際領(lǐng)先的基因組圖譜標(biāo)準(zhǔn)。這是我國科學(xué)家自主完成的第一個野生稻全基因組測序計劃，也是世界上第一個完成的高雜合度野生稻全基因組框架圖譜。

 

本項(xiàng)目的完成主要依托于2009年底順利通過了國家驗(yàn)收的國家大科學(xué)工程中國西南野生生物種質(zhì)資源庫先進(jìn)的基因組學(xué)與生物信息學(xué)平臺。測序工作主要由第二代高通量測序儀Solexa GA II完成，生物信息學(xué)分析則依托于種質(zhì)資源庫建成的“中國科學(xué)院超算中心西南分中心”10萬億次/秒的計算能力、512 GB的大內(nèi)存節(jié)點(diǎn)和100 TB存儲的超算平臺。普通野生稻全基因組是利用高通量、低成本的第二代Solexa測序技術(shù)對不同長度的shotgun文庫測序，輔以構(gòu)建較長片斷文庫的454測序技術(shù)；項(xiàng)目還用454測序技術(shù)完成了多個組織轉(zhuǎn)錄組的測序工作，為基因組的準(zhǔn)確注釋提供參考。研究表明，普通野生稻的基因組大小約為3.70億個堿基對，含有的基因總數(shù)目約為4.0萬個，測序深度已達(dá)基因組大小的70倍，測序結(jié)果已覆蓋92%的普通野生稻全基因組，基因覆蓋度約為90%以上。目前，項(xiàng)目組正在加緊繪制普通野生稻的基因組精細(xì)圖譜。

 

該項(xiàng)目的完成得到了云南省自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目、云南省高端科技人才項(xiàng)目、中國科學(xué)院“百人計劃”海外杰出人才擇優(yōu)支持項(xiàng)目和中科院方向性重點(diǎn)項(xiàng)目的大力支持。云南是亞洲栽培稻的遺傳多樣性中心之一，云南普通野生稻全基因組框架圖的完成，將大大促進(jìn)云南野生稻資源的研究與發(fā)掘利用。