美科學家開發(fā)出多能細胞系計分卡
日期:2011-03-03 16:49:21
在這項研究中,馬薩諸塞州劍橋市哈佛大學的Christoph Bock和同事對20個已經建立的人類ESC系以及12個iPSC系進行了全基因組的DNA甲基化繪圖,以及基于微陣列的基因圖譜表達。就像預期的那樣,不同ESC系的遺傳和轉錄狀態(tài)具有很高的相似性,并且研究人員利用ESC數(shù)據(jù)計算出了一條“參考通路”,從而作為對一個多能細胞系中的每個基因的預期基因表達和DNA甲基化水平的一種測量方法。他們隨后開始考慮iPSC與ESC到底有多類似。研究人員發(fā)現(xiàn),許多iPSC系的基因表達和甲基化屬于在ESC系中觀測到的偏差,但總的來說,兩種細胞系之間的差異多于每種細胞系之中的差異。
多能細胞系之間的差異具有功能上的意義嗎?與之前的研究一樣,Bock等人發(fā)現(xiàn),在ESC或iPSC中,基因中的細胞系特定DNA甲基化差異,以及細胞特性的作用,能夠改變細胞的分化潛能。
為了使之成為一個能夠穩(wěn)定評估新細胞系有效性的系統(tǒng),研究人員開發(fā)出了一種兩步法。第一步,通過一種“差異計分卡”——記錄基因的表達和DNA甲基化水平與參考面板進行比較時的異常值——對一個細胞系進行評估。第二步,對細胞系進行一種非定向的分化試驗,并且細胞分化成多種細胞系的傾向也被加以計算。這些結果被用來與一個“世系計分卡”——已通過20種對照ESC系進行了校準——進行了比較。研究人員指出,這一評分系統(tǒng)提供了細胞系質量和效用的信息,并且適合擴展到對大量細胞系的篩選工作。研究人員在最近出版的《細胞》雜志上報告了這一研究成果。
研究人員表示,這項研究代表了用系統(tǒng)方法進行干細胞評估的一個進步,并且能夠被用來評估產生iPSC的新方法,或者旨在下游應用的細胞的適合性。
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