近兩年，研究人員發(fā)現(xiàn)5hmC在某些細(xì)胞類型中大量存在，包括胚胎干細(xì)胞。同時，越來越多的證據(jù)表明，將5-甲基胞嘧啶（5mC）轉(zhuǎn)化成5hmC的TET蛋白扮演著重要的生物角色。為了進(jìn)一步了解5hmC的功能，研究人員陸續(xù)著手分析它在基因組中的分布。

在這項(xiàng)研究中，研究人員使用了hmeDIP-seq技術(shù)，即先開展羥甲基DNA免疫沉淀，之后在Illumina Genome Analyzer平臺上進(jìn)行大規(guī)模并行測序。在這之前，人們富集5hmC主要是通過化學(xué)反應(yīng)添加標(biāo)簽，再親和純化。而現(xiàn)在，5hmC特異抗體的上市，使得5hmC的直接免疫沉淀成為可能。他們使用的是Active Motif和Diagenode這兩家公司的抗體。

通過數(shù)據(jù)分析，研究人員發(fā)現(xiàn)5hmC主要集中在增強(qiáng)子以及基因本身，暗示了5hmC在基因調(diào)控中的潛在作用。與它在增強(qiáng)子中的定位一致，5hmC還大量集中在與增強(qiáng)子相關(guān)的組蛋白修飾位點(diǎn)，如H3K4me1和H3K27ac。同時，5hmC還集中在其他的蛋白-DNA相互作用位點(diǎn)，如OCT4和NANOG結(jié)合位點(diǎn)。

此結(jié)果與之前報道的小鼠胚胎干細(xì)胞中5hmC的基因組分布相似。據(jù)5月份的《Nature》雜志報道，波士頓兒童醫(yī)院的研究人員發(fā)現(xiàn)，5hmC片段主要集中在外顯子和轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近，尤其是H3K27me3和H3K4me3位點(diǎn)。

同時，研究人員還發(fā)現(xiàn)5hmC區(qū)域富含GC，但GC含量有差異。在5’端，G多過C，而3’端剛好相反，C多過G。這種現(xiàn)象在與基因和增強(qiáng)子重疊的5hmC區(qū)域以及未與上述元件重疊的區(qū)域都觀察到，暗示這種序列組成是所有5hmC區(qū)域的共同特征。

有趣的是，New England Biolabs（NEB）公司的兩名科學(xué)家Shannon Morey Kinney和Sriharsa Pradhan也參與了此項(xiàng)研究。在羥甲基化位點(diǎn)的驗(yàn)證過程中，研究人員使用了NEB公司的EpiMark 5-hmC and 5-mC Analysis Kit。此試劑盒是市場上第一個定量5-hmC的PCR型分析。