科學(xué)家們?yōu)榱四苌钊肓私馓禺愋曰虮磉_，發(fā)展了許多實驗技術(shù)，比如芯片技術(shù)，PCR，高通量測序等，但是要想得到精確的結(jié)果，仍然依賴于實驗操作人員對于技術(shù)掌握的熟練程度。而且隨著基因表達研究越來越多，為了確保公布的結(jié)果的精確性，對于相關(guān)分析也越來越嚴格。不過所幸目前也有了更多基因表達分析相關(guān)的產(chǎn)品，這些產(chǎn)品帶來的新技術(shù)也許能幫助我們解決難題。

計數(shù)表達

“過去所有用于分析基因表達的方法都是相對間接的方法——通過轉(zhuǎn)錄標記，和芯片雜交檢測表達水平”，來自Illumina國內(nèi)公司的資深科學(xué)家Gary Schroth說，“目前發(fā)展趨勢很清楚，世界正朝著測序，或者說是計數(shù)分析發(fā)展”，RNA測序也更多的計數(shù)分析，直接分析生物樣品中的分子特征。

2007年1月，Schroth研究組研發(fā)了一種稱為RNA-seq的實驗方法，這種方法能完成cDNA全長的測序。在短短幾年間，這種技術(shù)已經(jīng)應(yīng)用于多篇發(fā)表文章中，正如Schroth自己所說的，“現(xiàn)在，有超過300份同行評審發(fā)表文章采用了RNA-seq方法”，他也提及了增長的高通量——從2007年的每次完成4000-6000萬發(fā)展到了今天Illumina HiSeq 2000系統(tǒng)的3億。讀長也翻了三倍，而且如今研究采用的也大多是雙末端測序方法。

同時一些上市的試劑盒也促進了RNA測序的發(fā)展，比如Illumina2010年底推出的TruSeq RNA Sample Prep Kits，這一試劑盒能從總RNA生成文庫，并與Illumina測序產(chǎn)量兼容。與之前的方法相比，預(yù)混液試劑排除了大部分移液步驟，并減少了純化次數(shù)，讓手工操作時間降至最低。全新的自動化友好的流程形式能夠平行處理最多96個樣品。通過目前新一代測序平臺上最易用的樣品制備流程，這實現(xiàn)了經(jīng)濟、高通量的RNA測序研究。