2003年科學(xué)家們對(duì)外公布完成了人類基因組的測序之后，就一直處于一種自我陶醉之中。然而一個(gè)根本性的問題卻遭到了忽視：我們?nèi)绾文艽_定個(gè)體基因組的讀取是否正確？

十年前，人類首次全面開展了個(gè)體基因組的測序，在這項(xiàng)研究中揭示出了全球70億人的大量遺傳變異。然而至此后，對(duì)于個(gè)體精確測序的質(zhì)疑就一直困擾著研究者們。

測序公司預(yù)測他們有能力將基因組測序成本從幾年前的2.5萬美金降至1000美金，并致力開發(fā)出“個(gè)體化”醫(yī)療，這在當(dāng)前市場上正日漸顯示出重要的意義。測序成本的降低依賴于更新的技術(shù)，設(shè)想科學(xué)家們能夠繼續(xù)使用標(biāo)準(zhǔn)鳥槍法（shotgun approach），將基因組隨機(jī)處理成大小不同的片段，然后再將這些片段連接起來。尤其是，通過將 DNA處理成更小的片段，有利于快速廉價(jià)地讀取大量片段，從而達(dá)到降低成本的目的。然而其中一個(gè)問題是現(xiàn)在人們并不是很清楚如何評(píng)估最新裝配算法和基本鳥槍法的準(zhǔn)確性，尤其是早期的基因組數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性還不確定。

確定個(gè)體基因組測序準(zhǔn)確性的特殊挑戰(zhàn)在于使人體的表型（或性狀）與他/她的基因型（或遺傳結(jié)構(gòu)）相匹配。在首次完成人類基因組測序后不久曾有人預(yù)測將很快開發(fā)出個(gè)體化的醫(yī)療，然而由于此障礙的存在，直到現(xiàn)在這一目標(biāo)也尚未實(shí)現(xiàn)。

在近期《PLOS One》雜志的一篇文章中，來自紐約大學(xué)庫朗研究所的研究人員對(duì)當(dāng)前采用的一些個(gè)體基因組測序方法進(jìn)行了評(píng)估。

紐約大學(xué)的研究人員根據(jù)一些基因?qū)W家和生物信息學(xué)家開發(fā)的一種稱為AMOS的開源軟件搜集的特征，檢測了這些程序的可行性。研究人員假設(shè)，如果一種方法能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)個(gè)體全基因組的準(zhǔn)確測序，那么該方法創(chuàng)建的組件就應(yīng)該能夠“組合到一起”，并與其他的輔助數(shù)據(jù)，例如"mate pairs," "optical maps," 或“strobed sequences”相一致，共同組成基因組的廣泛信息。

文章的資深作者、計(jì)算機(jī)科學(xué)與數(shù)學(xué)系教授Bud Mishra說：“利用當(dāng)前的大部分技術(shù)，在組裝基因組的過程中，當(dāng)遇到基因組中多個(gè)位點(diǎn)重復(fù)出現(xiàn)相同的序列串，就會(huì)產(chǎn)生幾種類型的錯(cuò)誤。隨機(jī)輸入讀值傾向于在此類位置采集，在它們之間顯示出了更高的差異性。”

“這些錯(cuò)誤有可能產(chǎn)生嚴(yán)重的后果，尤其是技術(shù)被應(yīng)用到分析腫瘤基因組時(shí)，其往往具有高度異質(zhì)性，每個(gè)腫瘤細(xì)胞基因組中均存在于其他細(xì)胞不同的重排和突變，”Mishra說。