癌癥基因組研究無疑已成為癌癥研究領(lǐng)域的一大熱點(diǎn)，而且相關(guān)研究無需研究人員十分扎實(shí)的生物信息學(xué)基礎(chǔ)，就能獲得高回報(bào)——癌癥研究人員已經(jīng)積累了不少小突變，拷貝數(shù)變異，表觀遺傳學(xué)變化，表達(dá)水平差異的分析數(shù)據(jù)，以及大量癌癥類型的臨床特征數(shù)據(jù)，早在2008年科學(xué)家們就公布了首個(gè)癌癥基因組序列（急性髓細(xì)胞白血?。?/SPAN>

這意味著目前進(jìn)入這一領(lǐng)域研究的相關(guān)科研人員將能獲得更多，更高質(zhì)量的信息，當(dāng)然研究分析不是一件容易的事情。近期知名生命科學(xué)期刊The Scientist雜志就以“Combing the Cancer Genome”為題，介紹了癌癥基因組研究中一些有效的在線資源，以及如何運(yùn)用，可謂是這方面研究的指引手冊(cè)。

許多癌癥研究人員目前都不再尋找個(gè)體基因，而是繪制基因網(wǎng)路圖譜。要繪制網(wǎng)絡(luò)圖譜，可以選擇Regulome Explorer，這是一套由美國西雅圖系統(tǒng)生物學(xué)研究所，和德州大學(xué)MD安德森癌癥研究中心開發(fā)的工具，能提供與突變，表達(dá)水平變化和臨床結(jié)果之間關(guān)聯(lián)有關(guān)的全面資料。這一工具目前帶有三個(gè)TCGA數(shù)據(jù)集，計(jì)劃在未來6個(gè)月里添加更多。

如果要分析包含某個(gè)基因的網(wǎng)絡(luò)，那么可以選擇這一網(wǎng)站的第一個(gè)工具：All Pairs Significance Tests，這能幫助研究人員找到成對(duì)的作用關(guān)系。新打開的窗口將可以顯示比如一個(gè)乳腺癌數(shù)據(jù)集的圖形形式，如果需要其它數(shù)據(jù)，可以找到Data menu，點(diǎn)擊Select。在右邊的對(duì)話框中，輸入目標(biāo)基因的名稱（Feature 1），在Feature 2中選擇基因變化類型，以及希望尋找關(guān)聯(lián)的基因，然后點(diǎn)擊Filter。或者也可以在Feature 2處留白，就會(huì)出來整個(gè)基因關(guān)聯(lián)，把鼠標(biāo)放在上面，研究人員就能看到與目標(biāo)基因有關(guān)的變化。

同樣在MSKCC的cBio頁面上也可以進(jìn)行相似的不同癌癥類型的數(shù)據(jù)分析：在灰色框中輸入目標(biāo)基因，比如Trim2，然后點(diǎn)擊Submit。選擇癌癥類型，再點(diǎn)擊View Cancer Study Details，這樣就能在Network看到已知的基因相互作用和作用途徑網(wǎng)絡(luò)。當(dāng)鼠標(biāo)滑過一個(gè)基因，還能看到不同顏色的相關(guān)突變，表達(dá)和拷貝數(shù)狀態(tài)——顏色代表Legend選項(xiàng)中的每個(gè)變化。

當(dāng)然，許多基因網(wǎng)絡(luò)還是未知的。一個(gè)稱為Dendrix的工具能預(yù)測基因是否參與到某種途徑中，這主要是通過一種能尋找在相互排斥模式（mutually exclusive pattern）中發(fā)生基因突變的運(yùn)算方法。如果需要運(yùn)行Dendrix，可以先將兩個(gè)文本文件下載到ccmbweb.ccv.brown.edu/dendrix的服務(wù)器上。

來自布朗大學(xué)，參與Dendrix設(shè)計(jì)的生物信息學(xué)家Fabio Vandin表示，這樣能列出所有在某種特殊腫瘤類型（比如一個(gè)TCGA數(shù)據(jù)集）中發(fā)生突變的基因，而其它的則只能列出需要分析的基因。最后完整的分析結(jié)果將會(huì)通過email郵件送到研究人員的郵箱，通常在一天內(nèi)就能送到，一種稱為Cytoscape的平臺(tái)能閱讀這種文件。