PNAS教你如何調(diào)控基因表達
日期:2012-09-05 08:15:02
在幾乎所有細胞進程中,基因表達都扮演了一個關(guān)鍵作用,雖然不少研究證明誘導型啟動子能通過基因表達水平修飾,幫助科學家們深入了解調(diào)控網(wǎng)絡(luò),但是這種方法依然存在一些不足之處。具體來說,這種方法的作用局限于一些相對短期,群體規(guī)模效應的研究。
近期來自法國INRIA研究所和CNRS研究所的研究人員證明,一種外部反饋回路(external feedback loop)能用于單細胞基因表達,進行精確嚴謹?shù)亩啻{(diào)控。
研究組構(gòu)建了一種實時的,閉環(huán)調(diào)控的基因表達平臺,這個平臺整合了顯微技術(shù),微流體,和自動成像原軟件,量化技術(shù)和模型預測控制技術(shù)。他們指出,這種技術(shù)能在群體和單個細胞水平,進行包含時間常數(shù)和時間變量靶向表達譜(time-varying target expression profiles)的長期調(diào)控,這種實時調(diào)控可以避免基因表達隨機性的影響。研究人員預期這種方法將能用于改善復雜,合成設(shè)計細胞網(wǎng)絡(luò)的性能。
這項研究公布在《美國國家科學院院刊》(PNAS)雜志上。
文章作者Gregory Batt表示,他們在研究中遇到了不少挑戰(zhàn),“由于基因表達是一個相對較緩慢的過程”,“因此我們不得不進行長期的實驗——每次持續(xù)15小時——來證明基因表達的有效調(diào)控。每個實驗都延伸到了酵母細胞的許多代,平臺每一個部分也都必須相應的調(diào)整。
這項研究的一個重要方面在于,研究提供的證據(jù)表明,實時監(jiān)控能從動力學上避免基因表達隨機性的影響。 “我們進行了兩種類型的實驗,”Batt說,“首先我們檢測了顯微視場中所有細胞的熒光信號,并用細胞平均熒光作為調(diào)控標準。在第二種情況下,我們只聚焦于一個細胞,在實驗開始時隨機選擇,并且把這個細胞的熒光信號作為調(diào)控標準。
然后我們觀察一個細胞的熒光靶值周圍的波動,結(jié)果表明這個波動從統(tǒng)計學上來說,單個細胞比當它們作為一個群的成員要小。”
這項研究除了能應用于除了系統(tǒng)和合成生物學,Batt還認為,“我們的平臺也吸引了計算生物學家的興趣,因為它鋪墊了在線選擇模式和在線調(diào)控模式的道路”,在這個設(shè)備中,可以實時進行分析和解釋,因此模型也就可以成為最有效的形式。
上一篇: 單分子測序輕松升級參考基因組
下一篇: 鋅指核酸酶或可用于修改瘧原蟲基因