《Nature Methods》雜志將2012年度技術(shù)授予了定向蛋白質(zhì)組學(xué)（targeted proteomics）。同時(shí)，雜志還介紹了2013年值得關(guān)注的技術(shù)，包括納米孔測(cè)序儀（Disruptive nanopores）、微生物組功能研究（Probing microbiome function）、近紅外探針（Near-infrared probes）、干細(xì)胞體外微環(huán)境（In vitro niches）等等。

大約幾年前，人們開始爭(zhēng)相對(duì)直接取自環(huán)境的微生物進(jìn)行大規(guī)模測(cè)序。隨著每個(gè)棲息地的宏基因組序列蜂擁而至，微生物生態(tài)學(xué)的新陣地在哪里？《Nature Methods》雜志認(rèn)為，分子圖譜分析技術(shù)與DNA測(cè)序互補(bǔ)，有望帶我們深入了解看不見(jiàn)的生物群落的功能。

微生物的大規(guī)模測(cè)序在這兩年相當(dāng)熱門，目前已有多項(xiàng)成果發(fā)表。今年6月，Nature、Science和Cell三大頂級(jí)期刊都公布了人類微生物組計(jì)劃的最新成果。同時(shí)，腸道、陰道以及鼻竇的微生物組研究成果也頻頻見(jiàn)報(bào)。不過(guò)，到目前為止，大部分工作都集中在系統(tǒng)發(fā)育標(biāo)記的測(cè)序，以鑒定樣品中微生物的數(shù)量和類型。但這些微生物究竟干了什么呢？它們的功能何在？

鳥槍法DNA測(cè)序和越來(lái)越多的參考基因組有助于我們揭開它們的功能。盡管如此，這一信息只能概述潛在的代謝功能。另一方面，RNA測(cè)序、蛋白和代謝物圖譜分析方法能夠定位哪些通路是激活的。它們有助于新穎的生化探索，并深入了解環(huán)境與微生物的互作。

將轉(zhuǎn)錄本和蛋白表達(dá)等互補(bǔ)數(shù)據(jù)相結(jié)合，可帶來(lái)更好的準(zhǔn)確性，從而支持結(jié)論。整合需要匯集不同的專業(yè)知識(shí)，也可能需要新的工具。從傳統(tǒng)生態(tài)學(xué)和系統(tǒng)生物學(xué)演化而來(lái)的網(wǎng)絡(luò)建模（Network modeling）是一種很有前途的方法，有望在微生物生態(tài)學(xué)中大顯身手。

雜志認(rèn)為，除了大規(guī)模的測(cè)序研究，未來(lái)將看到更多定向研究，它們從各種方法中獲得更豐富的數(shù)據(jù)，讓這成為有趣的方法開發(fā)領(lǐng)域。也許您需要決定是走得更深，還是走得更寬。不過(guò)最終，微生物將回到實(shí)驗(yàn)室，通過(guò)高通量培養(yǎng)方法和人工無(wú)菌的環(huán)境（如悉生小鼠）來(lái)開展深入的功能研究。