《Nature Methods》雜志將2012年度技術(shù)授予了定向蛋白質(zhì)組學(xué)（targeted proteomics）。同時(shí)，雜志還介紹了2013年值得關(guān)注的技術(shù)，包括納米孔測(cè)序儀（Disruptive nanopores）、微生物組功能研究（Probing microbiome function）、近紅外熒光探針（Near-infrared probes）、干細(xì)胞體外微環(huán)境（In vitro niches）等等。

除了定向蛋白質(zhì)組學(xué)之外，Nature也特別推薦了關(guān)于完整蛋白復(fù)合物質(zhì)譜分析技術(shù)，指出這種技術(shù)能幫助科學(xué)家們檢測(cè)和分析大型的天然蛋白復(fù)合物，這對(duì)于解析復(fù)合物功能和作用原理至關(guān)重要。

一般而言，蛋白質(zhì)質(zhì)譜分析主要利用的是一種“鳥槍”策略，即研究人員進(jìn)行蛋白分析的樣品首先需要被分解成肽段，然后進(jìn)行識(shí)別，定量和描述特征，這種方法更便于目前的儀器分析，而天然完整的蛋白復(fù)合物則難以進(jìn)行分析。雖然這種鳥槍方法已經(jīng)在不少高通量蛋白質(zhì)組學(xué)研究中獲得了成功，但是這個(gè)過(guò)程中會(huì)喪失許多生物學(xué)信息。

蛋白具有多種翻譯后修飾模式，這對(duì)于它們的功能作用具有重要的影響，但是當(dāng)這些蛋白被分解成肽段的時(shí)候，這種模式就會(huì)變得難以解釋，而且蛋白很少單獨(dú)行動(dòng)，都是通過(guò)與其他蛋白，或者其他細(xì)胞內(nèi)分析相互作用而發(fā)揮功能的。這些信息在經(jīng)典鳥槍方法中葉會(huì)被遺失。

如果利用獨(dú)特的質(zhì)譜技術(shù)，就能檢測(cè)和分析完整蛋白和蛋白復(fù)合物，得到具有更多價(jià)值的功能信息。首先將蛋白輕緩的轉(zhuǎn)變成氣相，保留其完整三維結(jié)構(gòu)，然后在合適的條件下，通過(guò)質(zhì)譜分析，解析大型，非共價(jià)連接的可溶性蛋白和膜蛋白。

然而直至今日，完整蛋白復(fù)合物的質(zhì)譜分析仍然需要一些高度職業(yè)化的儀器，因此在許多實(shí)驗(yàn)室中難以開展研究。不過(guò)近期也取得了一些新成果，比如去年來(lái)自荷蘭烏德勒支大學(xué)的研究人員就研發(fā)了一種提高質(zhì)譜儀分辨率和可用性的改進(jìn)方法，利用該方法可以獲得完整蛋白復(fù)合物的重要結(jié)構(gòu)信息。

研究人員通過(guò)改裝軌道阱質(zhì)譜儀這種被廣泛用于高通量蛋白譜的常用儀器，成功地實(shí)現(xiàn)了對(duì)最高分子量可達(dá)一百萬(wàn)摩爾質(zhì)量的完整蛋白復(fù)合物的檢測(cè)。經(jīng)過(guò)他們改裝的質(zhì)譜儀具有足夠高的分辨率，可識(shí)別出個(gè)體ATP或ADP分子與細(xì)菌的伴侶蛋白復(fù)合物GroEL的結(jié)合——目前的無(wú)損質(zhì)譜技術(shù)還無(wú)法做到這一點(diǎn)。該方法同樣能夠應(yīng)用于蛋白復(fù)合物轉(zhuǎn)錄后修飾的靈敏度檢測(cè)。