Nature子刊:四十年前舊假說獲得新證
日期:2013-06-21 09:15:47
大約四到六百萬年前,人類與黑猩猩從進(jìn)化樹上分支開來??茖W(xué)家們認(rèn)為,基因調(diào)控序列的突變,在這一進(jìn)化過程中起主要作用?,F(xiàn)在,康奈爾大學(xué)的一項新研究,為這一理論提供了進(jìn)一步的證據(jù),文章發(fā)表在Nature Genetics雜志上。
人類和黑猩猩的蛋白差異很小,相似度超過99%。大約四十年前,科學(xué)家們在此基礎(chǔ)上提出了一個假說,認(rèn)為基因調(diào)控在人類進(jìn)化中起著關(guān)鍵性的作用。而這項新研究,為這一假說提供了重要證據(jù)。
“這是迄今為止,針對人類調(diào)控序列演化的,最直接的綜合性分析,”文章的資深作者,康奈爾大學(xué)副教授Adam Siepel說。
人類基因組中的蛋白編碼基因只有不到2%,這些蛋白組成生物學(xué)通路,影響著生物的外形、行為和健康情況。不過,人們對其余98%的基因組還了解得比較少。1960年人們發(fā)現(xiàn),一些非編碼的DNA序列,控制著基因的開關(guān),以及基因的表達(dá)量,這些序列是基因附近的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。
研究顯示,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點中的弱有害突變(weakly deleterious mutation),幾乎是蛋白編碼基因處的三倍。這些突變會使個體更易于患病,但通常并不嚴(yán)重。弱有害突變在群體中并不多見,而且會隨著時間推移被逐漸淘汰。許多遺傳性的人類疾病,都與弱有害突變有關(guān)。
突變有時也會給基因賦予更有利的特性,使其在群體中越來越多見,這樣的過程被稱為正向選擇。研究人員分析了血細(xì)胞、腦功能和免疫相關(guān)基因的調(diào)控序列,發(fā)現(xiàn)“轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點顯示出相當(dāng)大量的正向選擇,”文章的第一作者Leonardo Arbiza說。
“總的來說,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的進(jìn)化靈活性要大于蛋白編碼基因,”Siepel說?!斑@為我們理解人類進(jìn)化和疾病提供了重要啟示?!?/SPAN>
研究人員采用被稱為INSIGHT的新計算方法,結(jié)合大量數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,并通過比較人類和猩猩的基因組序列,在基因調(diào)控片段中找到了自然選擇的證據(jù)。
“可以說,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點是我們最為了解的調(diào)控元件,”Arbiza說?!叭绻芯炕虮磉_(dá)調(diào)控的演化,它是一個很好的起始點?!毖芯咳藛T還指出,INSIGHT可以用來對其他調(diào)控序列進(jìn)行分析,例如micro-RNA和其他涉及基因調(diào)控的非編碼分子。
上一篇: Nature頭條文章:鼴鼠不生癌的秘密
下一篇: Cell解析染色質(zhì)的不均一分布