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中國科學家Nature子刊基因組測序新成果

日期:2013-09-02 13:31:47

感染結核病永遠都不會有一個最合適的時間,近年來形勢變得更加的糟糕。

 

盡管已經開展了數十年的抗生素研究,隨著結核耐藥菌株的增長,當前的治療方案仍然非常的有限。在2010年,至少有65萬結核病例對兩種最有效的一線抗生素耐藥。在2012年,在印度發(fā)現(xiàn)了完全耐藥和無法有效治療的結核分枝桿菌。

 

現(xiàn)在,來自中科院、華大基因研究院、中國疾病預防控制中心的研究人員通過測序上百個樣本的完整基因組,生成了賦予結核耐藥性的突變目錄。他們的研究結果發(fā)表在91日的《自然遺傳學》(Nature Genetics)雜志上,大大增進了我們對于這一長期對手逃避最有效藥物機制的理解。

 

來自中科院生物物理研究所的畢利軍(Lijun Bi)研究員和張先恩(Xian-En Zhang)研究員,華大基因研究院的王俊(Jun Wang)博士和中國疾病預防控制中心的萬康林(Kanglin Wan)是這篇論文的共同通訊作者。

 

在這篇文章中,研究人員對來自中國患者的、具有一系列耐藥譜的161個菌株樣本進行了測序和分析,由此發(fā)現(xiàn)了72個新基因、28個基因間隔區(qū)(IGRs)、11個錯義(nonsynonymousSNPs10個與耐藥具有強大、一致關聯(lián)的IGR SNPs?;谒麄儥z測出的菌株間錯義SNPs與同義SNPsdN/dS比值,研究人員認為鑒別出的耐藥相關基因包含的幾乎所有的錯義SNPs,都是這些菌株中的藥物壓力導致產生,因而提供了一套接近完整的結核菌耐藥相關基因。

 

這項研究工作表明,耐藥的遺傳基礎遠比以往預期的更為復雜,并由此為闡明未知的耐藥機制打下了堅實的基礎。

 

此外,在同期發(fā)表于Nature Genetics雜志上的另外3篇研究論文中,分別來自美國和西班牙的3個獨立研究小組也對來自世界各地的數百個結核分枝桿菌菌株基因組進行了分析。

 

在第2篇研究論文中,來自麻省總醫(yī)院的Maha Farhat 領導的研究小組對來自全球各地的123種菌株進行了測序,并在進化樹上定位了序列。隨后他們尋找了各自與不同分支耐藥相關的突變。他們鑒別了結核分支桿菌基因組每個與耐藥性相關的部分,發(fā)現(xiàn)了39個新突變。

 

在第3篇研究論文中,來自西班牙公共健康研究中心的Iñaki Comas等,追蹤了7萬年來人類和結核的共同進化史。

 

在第4篇研究論文中,來自美國羅格斯大學的David Alland研究小組對接觸一線藥物乙胺丁醇(ethambutol)的63個臨床結核分枝桿菌樣本進行了測序。他們發(fā)現(xiàn)至少有4個基因相互作用,提高了細菌耐受這一藥物的能力,使得某些菌株能夠對抗高達16倍的藥物劑量。