基因組所完成開發(fā)RiceWiki數(shù)據(jù)庫(kù)
日期:2013-10-24 11:23:13
近日,中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所章張研究員課題組與北京理工大學(xué)、中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院及華中農(nóng)業(yè)大學(xué)合作開發(fā)完成RiceWiki數(shù)據(jù)庫(kù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)是基于維基百科的水稻基因信息平臺(tái),是可編輯且內(nèi)容公開的公眾注釋系統(tǒng)。研究成果在Nucleic Acids Research雜志發(fā)表。
水稻是人類重要的糧食作物之一,同時(shí)也是研究農(nóng)作物及其他相關(guān)植物的重要模式生物。因此,水稻成為第一個(gè)全基因組測(cè)序的農(nóng)作物。隨著水稻基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的深入,先后出現(xiàn)了BGI-RIS,TIGR,RAP-DB和RGKbase等專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)。這些數(shù)據(jù)庫(kù)多是依賴專業(yè)人員的編輯更新,不僅費(fèi)時(shí)費(fèi)力,而且成本也逐漸增加,導(dǎo)致其更新速度遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后于水稻數(shù)據(jù)的指數(shù)增長(zhǎng)。RiceWiki數(shù)據(jù)庫(kù)的優(yōu)勢(shì)在于匯集整個(gè)水稻研究領(lǐng)域的科研人員的智慧和力量,共同完善水稻基因的相關(guān)信息和數(shù)據(jù)更新,以期構(gòu)建一部水稻基因的百科全書。
目前,RiceWiki已經(jīng)整合了兩個(gè)水稻栽培亞種的基因數(shù)據(jù)(O. sativa indica 93–11 和 O. sativa japonica Nipponbare),涵蓋66000多個(gè)水稻基因的相關(guān)信息。水稻基因的原始資料主要來源于RefSeq (NCBI),Ensembl,RAP-DB和MSU Rice Genome Annotation Project。每個(gè)水稻基因的資料由注釋信息、研究該基因的相關(guān)實(shí)驗(yàn)室以及參考文獻(xiàn)和結(jié)構(gòu)信息構(gòu)成。
為了解決著作權(quán)的問題,RiceWiki還引入了作者獎(jiǎng)勵(lì)機(jī)制(AuthorReward),不僅可以評(píng)價(jià)基因注釋信息的質(zhì)量,還可以提高相關(guān)領(lǐng)域科研人員的參與度。RiceWiki允許注冊(cè)用戶隨時(shí)創(chuàng)造,更新和修改水稻基因信息,明顯的簡(jiǎn)化了資料收集,分析和整理的過程,以適應(yīng)生物學(xué)數(shù)據(jù)的爆炸式增長(zhǎng)模式。