最近，研究人員組裝并比較了來(lái)自于美國(guó)和歐洲四個(gè)淡水湖收集的單細(xì)胞aci放線菌群落的基因組草圖。

收集的11種單細(xì)胞，代表三種不同的放線菌Aci群落（acI-A1, acI-A7, acI-B1），可讓研究人員更多地了解它們?cè)谔己宛B(yǎng)分循環(huán)中所起的作用。

在大多數(shù)淡水生態(tài)系統(tǒng)中，最普遍的微生物是放線菌Aci家族成員。據(jù)估計(jì)，它們占世界各地淡水湖泊和河流浮游生物的高達(dá)50%，但是，研究人員還不知道這些微生物在生態(tài)系統(tǒng)中所發(fā)揮的確切作用，以及它們?nèi)绾斡绊?/span>碳循環(huán)。最近在Nature子刊《The ISME Journal》發(fā)表的一項(xiàng)研究中，包括來(lái)自美國(guó)能源聯(lián)合基因組研究所（DOE JGI）研究人員在內(nèi)的一個(gè)研究小組，利用單細(xì)胞基因組學(xué)，更多地了解這些微生物和它們的生活方式。

在此研究之前，幾乎只有一種acl細(xì)菌的完整基因組被測(cè)定。這項(xiàng)研究，部分是由DOE JGI團(tuán)體科學(xué)計(jì)劃資助支持，水樣取自威斯康辛州的Mendota和Sparkling湖、緬因州的Damariscotta湖和德國(guó)的Stechlin湖。在DOE JGI中，研究人員從這些樣本中，產(chǎn)生了10個(gè)單擴(kuò)增基因組（SAGs）的草案組件，代表三個(gè)aci群落。然后，將這10個(gè)SAGs與以前另外一項(xiàng)研究中的一個(gè)SAG相比較，以更好地了解，哪些特征在acl部落中是保守的？以及這3個(gè)aci組與另外一個(gè)有何不同？

雖然從淡水中提取的單細(xì)胞還沒(méi)有完整的基因組草圖，但是研究小組發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)保守特征的基因，例如中央新陳代謝，在所有三個(gè)aci群落之間是共有的。此外，許多SAGs含有一種酶，可使aci細(xì)菌獲得藍(lán)藻細(xì)菌合成的一種化合物，可儲(chǔ)存碳和氮。研究小組也做了初步的嘗試，試圖弄清是否每種aci細(xì)菌群落都具有特殊生態(tài)位相關(guān)的基因，但是，由于沒(méi)有完整的基因組，所以我們很難做出任何結(jié)論。

研究小組得出結(jié)論：“aci家族成員與其親本（放線菌）及其他已測(cè)序的淡水細(xì)菌，是明顯特異相關(guān)的。它們高度精簡(jiǎn)的基因組和小的細(xì)胞尺寸表明，它們與超微細(xì)菌共有廣泛的生態(tài)位維度，例如SAR11分化枝的淡水成員。雖然這里分析的SAGs很多特性，只與以前發(fā)表的其他aci基因組一致，但是調(diào)查三種不同的群落表明，它們之間存在生態(tài)分化。”