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替代PCR,RPA檢測(cè)埃博拉等致命病毒

日期:2014-11-06 09:27:39

 

重組酶聚合酶擴(kuò)增Recombinase Polymerase Amplification,RPA),被稱為是可以替代PCR核酸檢測(cè)技術(shù)(由英國(guó)公司TwistDx Inc開發(fā))。以此為基礎(chǔ)的TwistAmp® 核酸擴(kuò)增產(chǎn)品,能夠在15分鐘內(nèi)進(jìn)行常溫下的單分子核酸檢測(cè)。該技術(shù)對(duì)硬件設(shè)備的要求很低,特別適合用于體外診斷、獸醫(yī)、食品安全、生物安全、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。

 

RPA檢測(cè)瘧原蟲核酸擴(kuò)增是目前最靈敏的瘧原蟲(P. falciparum)特異性檢測(cè)法。然而,PCR需要熱循環(huán)設(shè)備和專業(yè)性操作,資源匱乏的地區(qū)往往難以滿足這些條件。在這種情況下,與側(cè)流層析結(jié)合的RPA有著很大的應(yīng)用前景。

 

Malaria Journal》雜志今年三月份發(fā)表的一項(xiàng)研究中,研究人員將RPA基礎(chǔ)反應(yīng)、TwistAmp nfo探針和側(cè)流層析結(jié)合起來,實(shí)現(xiàn)了瘧原蟲18S rRNA基因的高靈敏度快速檢測(cè)。在38°C的條件下,只需要不到十分鐘的擴(kuò)增,就能檢出含有四個(gè)瘧原蟲的樣本。加上側(cè)流層析的檢測(cè)時(shí)間,整個(gè)流程總共只需要15分鐘,而且肉眼可以直接看到檢測(cè)結(jié)果。

 

研究人員用不同瘧原蟲測(cè)試了這種方法的靈敏度和特異性。研究顯示,所有瘧原蟲都被成功檢出,所有非瘧原蟲都得出了陰性結(jié)果。文章指出,這一方案將大大改善資源匱乏地區(qū)的瘧原蟲分子診斷。

 

RPA檢測(cè)埃博拉等十種致命威脅檢測(cè)傳染性疾病的綜合panel,有助于資源匱乏地區(qū)進(jìn)行實(shí)地分子診斷,對(duì)生物防御工作也有很大的幫助。

 

Journal of Clinical Microbiology》雜志去年四月的一項(xiàng)研究開發(fā)了一個(gè)RPA檢測(cè)panel,對(duì)土拉弗朗西斯氏菌(Francisella tularensis)、鼠疫耶爾森氏菌(Yersinia pestis)、炭疽芽孢桿菌(Bacillus anthracis)、天花病毒進(jìn)行RPA分析,對(duì)裂谷熱病毒(Rift Valley fever virus)、埃博拉病毒、Sudan病毒和馬爾堡病毒進(jìn)行RT-RPA分析。研究顯示,這些RPART-RPA的分析靈敏度大多在16-21個(gè)分子之間(與實(shí)時(shí)PCR相當(dāng)),42°C下只需運(yùn)行6-10分鐘,而且不存在交叉反應(yīng)。

 

RPA檢測(cè)冠狀病毒2012年在中東首次鑒定的中東呼吸綜合癥冠狀病毒( Middle East respiratory syndrome coronavirusMERS-CoV)是一種新型的冠狀病毒。這種病毒很快傳入了歐洲,給公共安全機(jī)構(gòu)敲響了警鐘。

 

目前,MERS-CoV檢測(cè)主要依賴于實(shí)時(shí)RT-PCR,需要收集患者樣本然后到專門的實(shí)驗(yàn)室去檢驗(yàn)。因此,亟需能夠進(jìn)行實(shí)地檢測(cè)的快速裝置。

 

PLOS CurrentsOutbreaks》去年十二月發(fā)表的一項(xiàng)研究,開發(fā)了一個(gè)能在3-7分鐘內(nèi)鑒定MERS-CoV的便攜式RT-RPA裝置。在42°C條件下,等溫MERS-CoV RT-RPA與實(shí)時(shí)RT-PCR一樣敏感,可檢出10個(gè)RNA分子。文章指出,這個(gè)便攜裝置是監(jiān)控MERS-CoV傳播,尋找其動(dòng)物宿主的理想方法。

 

除此之外,世界各地的研究者們近期還用RPA技術(shù)檢測(cè)了許多其他的病毒。比如南美對(duì)蝦濃核癥病毒、對(duì)蝦白斑綜合癥病毒、李痘病毒、櫻桃小果病毒2、黃熱病毒、牛冠狀病毒、施馬倫貝格病毒、牛病毒性腹瀉病毒、口蹄疫病毒等等。RPA甚至還被用來直接檢驗(yàn)?zāi)蛞褐械纳逞垡略w。