在臨床實(shí)踐中，原發(fā)性免疫缺陷病（PID）的準(zhǔn)確診斷通常很困難，因?yàn)榕R床癥狀多樣且當(dāng)前的診斷過程復(fù)雜。為此，瑞典烏普薩拉大學(xué)等機(jī)構(gòu)的研究人員開發(fā)出一種新的測序捕獲分析，能夠作為一線檢測，來診斷引起PID的突變。這項(xiàng)研究成果近日發(fā)表在《PLoS ONE》上。

烏普薩拉大學(xué)Mats Nilsson領(lǐng)導(dǎo)的研究團(tuán)隊(duì)利用安捷倫的HaloPlex技術(shù)和Illumina測序，創(chuàng)建出一個179個基因的集合來分辨33名個體的突變狀態(tài)。Nilsson及其同事寫道，這種分析能夠找到78%患者的缺陷基因或突變。

原發(fā)性免疫缺陷病是一組由免疫系統(tǒng)的遺傳缺陷而引起的疾病，大約有200多種，其特點(diǎn)是嚴(yán)重、反復(fù)出現(xiàn)且危及生命的感染。目前的檢測方法包括細(xì)胞毒性分析和流式細(xì)胞術(shù)。

遺傳檢測能協(xié)助醫(yī)生確定治療策略。然而，與PID相關(guān)的基因有200多個，往往不太清楚應(yīng)當(dāng)檢測哪些基因。不同基因中的突變可能導(dǎo)致類似的表型，而相同基因中不同部分的突變卻可能出現(xiàn)不同的表型。重要的是，實(shí)驗(yàn)室認(rèn)證的檢測有時(shí)只覆蓋一小部分致病基因，因此檢測需要被分到不同的實(shí)驗(yàn)室。

如今，通過新一代測序，多重診斷分析允許對多個基因同時(shí)進(jìn)行分析。Nilsson認(rèn)為，這也許是診斷變異的最便宜方法。不過，他也指出，這些基因之外的致病變異就無法被發(fā)現(xiàn)。

研究人員利用QIAGEN的FlexiGene DNA Kit從全血中提取DNA。對于某些患者，血液也利用PreAnalytix的Paxgene Blood RNA采血管來采集。然后他們利用Paxgene Blood RNA Kit來提取RNA，其中500 ng用于羅氏First-strand cDNA synthesis for RT-PCR的cDNA合成。研究人員設(shè)計(jì)出靶向富集分析，覆蓋與PID相關(guān)的179個基因的所有外顯子。隨后由GATC Biotech在Illumina的GAIIx系統(tǒng)上開展高通量測序。

研究人員能夠?qū)⒁恍┎∫虿幻鞯牟±c已知的基因突變相匹配。兩名個體帶有STAT3基因的突變，兩名帶有lambda 5（IGLL1）基因的突變，還有一名帶有RNF168基因中的兩個不同突變。

根據(jù)這項(xiàng)研究的結(jié)果，作者建議PID的診斷分兩個階段：首先使用相對便宜且快速的靶向分析，它能解釋大多數(shù)疾病，之后對此分析不能分辨的病例進(jìn)行全外顯子組或全基因組測序。

作者指出，第二代分析技術(shù)讓診斷PID的多重檢測更加有用。“利用第二代HaloPlex設(shè)計(jì)，99.5%的目標(biāo)區(qū)域被覆蓋，而現(xiàn)有分析為98.6%。再加上更好的序列覆蓋度和讀取深度，這將大大改進(jìn)分析的性能，”作者寫道。