一個(gè)國際研究小組公布了迄今為止最大的蛋白互作數(shù)據(jù)庫資源，這將有助于解析眾多疾病相關(guān)的基因如何促發(fā)疾病發(fā)生和進(jìn)程的。這項(xiàng)研究由麻省總醫(yī)院MGH和Broad研究院領(lǐng)銜完成，相關(guān)數(shù)據(jù)庫： InWeb_InBioMap (InWeb_IM) 在線公布在11月28日Nature Methods雜志上。

“現(xiàn)代遺傳學(xué)技術(shù)能幫助我們對癌癥或者精神疾病患者的基因組進(jìn)行常規(guī)測序，但是科學(xué)家們依然不是很了解受到疾病相關(guān)遺傳突變影響的細(xì)胞系統(tǒng)，”文章作者之一，Broad研究院項(xiàng)目負(fù)責(zé)人之一Kasper Lage博士說，如果有更完整的人體蛋白物理相互作用圖譜，將能幫助我們探索細(xì)胞進(jìn)程，更高分辨分析疾病的影響。

雖然繪制大規(guī)模蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的重要性已經(jīng)是共識了，但是大部分近期的實(shí)驗(yàn)針對的都是少于30,000個(gè)直接相互作用，從最保守的估計(jì)來說，這只代表了四分之一的相互作用總數(shù)。

Lage研究組與丹麥，英國的科學(xué)家們合作，研發(fā)了一個(gè)計(jì)算機(jī)框架，能從超過43,000篇公布的論文中抓取數(shù)據(jù)，這包括了8個(gè)已有蛋白互作數(shù)據(jù)庫。研究人員利用這些數(shù)據(jù)創(chuàng)建了 InWeb_IM， InWeb_IM目前已經(jīng)達(dá)到了625,500個(gè)相互作用（2015年論文投遞時(shí)相互作用數(shù)量為586,000）。

文章第一作者，Lage實(shí)驗(yàn)室李泰伯（Taibo Li，音譯）說，“就像人類社會一樣，蛋白也喜歡在團(tuán)隊(duì)中完成功能，通過蛋白網(wǎng)絡(luò)與其它蛋白相互作用。如果將這種蛋白相互作用比喻成人類社會網(wǎng)，比如通過Facebook就能了解與他人互動的模式，那么構(gòu)建蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)就能了解基因簇群和分子途徑，促進(jìn)我們對人體細(xì)胞的了解。”

基因組測序成本迅速下降，已遠(yuǎn)遠(yuǎn)快過了我們對各種基因突變的理解，在蛋白水平和疾病基因水平上探討相互作用網(wǎng)絡(luò)，可以幫助臨床醫(yī)師們了解遺傳數(shù)據(jù)的模式，理解癌癥或者自閉癥論文中的生澀概念。比如說，大約有30個(gè)基因參與了心肌病，但許多患者并沒有出現(xiàn)這些基因的突變，如果能看看這30個(gè)基因表達(dá)的蛋白之間的相互作用模式，那么就能發(fā)現(xiàn)基于“心肌病網(wǎng)絡(luò)”的新候選基因，從而對這種疾病產(chǎn)生新的理解。 InWeb_IM 就是這樣作為臨床解釋的一種重要資源，未來將會應(yīng)用到更多的領(lǐng)域。

下一步，研究組還將利用 InWeb_IM 來解釋大規(guī)模的基因組數(shù)據(jù)，利用蛋白質(zhì)組學(xué)分析組織特異性復(fù)雜生物系統(tǒng)等等， InWeb_IM 將維持每個(gè)季度的更新，大家可以在這里看到相關(guān)的數(shù)據(jù)： http://www.lagelab.org/resources/ 或 http://www.intomics.com/inbiomap