在他們測序的胚胎干細胞階段的12個細胞中，他們檢測到大約65%的已知轉(zhuǎn)錄本，Lao認為這很有可能是發(fā)育早期階段的基因表達程度。

Lao表示，他正在努力改進這種方法，公司將開發(fā)一個試劑盒，用于“低起始量”的轉(zhuǎn)錄組測序，但目前還沒有上市日期。

首先，Life Technologies的研究小組必須優(yōu)化操作步驟，以便能夠捕獲每個轉(zhuǎn)錄本的全長。目前，用于分離mRNA的引物偏向轉(zhuǎn)錄本的3’端，因此對于長轉(zhuǎn)錄本來說缺少5’端。在這個特定研究中，這并不是問題，但對于想研究轉(zhuǎn)錄起始位點的研究人員來說，方法必須改進。

Lao表示，他們能夠捕獲最多3 kb的轉(zhuǎn)錄本，或者說轉(zhuǎn)錄本的60%。他正在使用不同的酶和試劑，努力將長度擴大至10 kb。他認為這將是這項技術(shù)有待克服的最大技術(shù)障礙?！皵U大至10 kb需要一切都準確無誤，”他這樣表示。

他表示傾向于讓這種方法成為鏈特異的，并利用一個帶有條形碼的96孔板來實現(xiàn)，這樣來自96個不同細胞的RNA就能一次收集并測序。Lao認為那兩個改進都不太難，目前已經(jīng)有一種方案讓方法成為鏈特異的，不過未在本次研究中使用。

利用這種技術(shù)，研究人員可以展示當細胞發(fā)育時基因表達是如何改變的。他們還鑒別出兩類看起來負責調(diào)控多能性的microRNA，以及似乎在調(diào)控發(fā)育中起作用的選擇性剪接事件。

作者們將胚胎干細胞的轉(zhuǎn)錄組與來自內(nèi)細胞團和外胚層細胞的轉(zhuǎn)錄組進行了比較。他們發(fā)現(xiàn)了細胞處于不同階段時在分子特征上的清晰差異。具體地說，他們發(fā)現(xiàn)2475個基因在內(nèi)細胞團階段和胚胎干細胞階段的表達存在4倍以上的變化，另外大約2362個基因存在0.25倍以下的變化。此外，他們還發(fā)現(xiàn)了2110個基因在外胚層和干細胞階段存在4倍以上的變化，而1170個基因存在0.25倍以下的變化。

比較同一階段不同細胞之間的表達水平，他們發(fā)現(xiàn)中等表達水平的基因比高表達水平的基因有著更高的可變性。

冷泉港實驗室的博士后研究人員Nick Navin認為這個結(jié)果彰顯了單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的力量，他曾使用單細胞全基因組測序來研究腫瘤異質(zhì)性(IS 5/18/2010)。他認為：“他們清晰表明在某一特定階段，細胞與細胞之間多個基因的表達往往不同。如果他們一直在研究細胞群體，那么有著不同表達水平的稀有細胞將會錯過。”

研究人員還發(fā)現(xiàn)，在胚胎干細胞階段，與細胞命運相關(guān)聯(lián)的基因已經(jīng)變得豐富?！斑@表明已經(jīng)有一些分化。一些細胞已經(jīng)開始走向它們的譜系?！盢avin這樣說。

他還談到了一個特別有趣的發(fā)現(xiàn)，就是作者們發(fā)現(xiàn)當ICM細胞發(fā)育時表達的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體存在很大變化，包括胚胎干細胞中缺失的128個轉(zhuǎn)錄變異體，以及169個在ICM中不表達而在ESC中表達的轉(zhuǎn)錄本。

Gurdon研究所生理學與生殖方面的教授，文章的另一位通訊作者Azim Surani通過電子郵件告訴《In Sequence》，研究結(jié)果提示“在胚胎發(fā)育的過程中，對選擇性剪接的調(diào)控可能對建立和調(diào)控單個細胞中的轉(zhuǎn)錄網(wǎng)絡(luò)至關(guān)重要?！?/FONT>