在他們測(cè)序的胚胎干細(xì)胞階段的12個(gè)細(xì)胞中，他們檢測(cè)到大約65%的已知轉(zhuǎn)錄本，Lao認(rèn)為這很有可能是發(fā)育早期階段的基因表達(dá)程度。

Lao表示，他正在努力改進(jìn)這種方法，公司將開發(fā)一個(gè)試劑盒，用于“低起始量”的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，但目前還沒(méi)有上市日期。

首先，Life Technologies的研究小組必須優(yōu)化操作步驟，以便能夠捕獲每個(gè)轉(zhuǎn)錄本的全長(zhǎng)。目前，用于分離mRNA的引物偏向轉(zhuǎn)錄本的3’端，因此對(duì)于長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本來(lái)說(shuō)缺少5’端。在這個(gè)特定研究中，這并不是問(wèn)題，但對(duì)于想研究轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的研究人員來(lái)說(shuō)，方法必須改進(jìn)。

Lao表示，他們能夠捕獲最多3 kb的轉(zhuǎn)錄本，或者說(shuō)轉(zhuǎn)錄本的60%。他正在使用不同的酶和試劑，努力將長(zhǎng)度擴(kuò)大至10 kb。他認(rèn)為這將是這項(xiàng)技術(shù)有待克服的最大技術(shù)障礙?！皵U(kuò)大至10 kb需要一切都準(zhǔn)確無(wú)誤，”他這樣表示。

他表示傾向于讓這種方法成為鏈特異的，并利用一個(gè)帶有條形碼的96孔板來(lái)實(shí)現(xiàn)，這樣來(lái)自96個(gè)不同細(xì)胞的RNA就能一次收集并測(cè)序。Lao認(rèn)為那兩個(gè)改進(jìn)都不太難，目前已經(jīng)有一種方案讓方法成為鏈特異的，不過(guò)未在本次研究中使用。

利用這種技術(shù)，研究人員可以展示當(dāng)細(xì)胞發(fā)育時(shí)基因表達(dá)是如何改變的。他們還鑒別出兩類看起來(lái)負(fù)責(zé)調(diào)控多能性的microRNA，以及似乎在調(diào)控發(fā)育中起作用的選擇性剪接事件。

作者們將胚胎干細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組與來(lái)自內(nèi)細(xì)胞團(tuán)和外胚層細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了比較。他們發(fā)現(xiàn)了細(xì)胞處于不同階段時(shí)在分子特征上的清晰差異。具體地說(shuō)，他們發(fā)現(xiàn)2475個(gè)基因在內(nèi)細(xì)胞團(tuán)階段和胚胎干細(xì)胞階段的表達(dá)存在4倍以上的變化，另外大約2362個(gè)基因存在0.25倍以下的變化。此外，他們還發(fā)現(xiàn)了2110個(gè)基因在外胚層和干細(xì)胞階段存在4倍以上的變化，而1170個(gè)基因存在0.25倍以下的變化。

比較同一階段不同細(xì)胞之間的表達(dá)水平，他們發(fā)現(xiàn)中等表達(dá)水平的基因比高表達(dá)水平的基因有著更高的可變性。

冷泉港實(shí)驗(yàn)室的博士后研究人員Nick Navin認(rèn)為這個(gè)結(jié)果彰顯了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的力量，他曾使用單細(xì)胞全基因組測(cè)序來(lái)研究腫瘤異質(zhì)性(IS 5/18/2010)。他認(rèn)為：“他們清晰表明在某一特定階段，細(xì)胞與細(xì)胞之間多個(gè)基因的表達(dá)往往不同。如果他們一直在研究細(xì)胞群體，那么有著不同表達(dá)水平的稀有細(xì)胞將會(huì)錯(cuò)過(guò)?！?/FONT>