這項(xiàng)技術(shù)稱為“HeliScopeCAGE”，它將RIKEN的CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）與第三代測序公司Helicos BioSciences的Helicos遺傳分析系統(tǒng)相結(jié)合，為稀有細(xì)胞群體的基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析開啟了大門。

CAGE是近年出現(xiàn)的一種分析RNA轉(zhuǎn)錄本的高效方法。它由日本科學(xué)家Hayashizaki等開發(fā)，能產(chǎn)生樣品中mRNA的5’端快照。這種技術(shù)實(shí)現(xiàn)了高通量的基因表達(dá)分析以及轉(zhuǎn)錄起點(diǎn)的圖譜分析。

目前有很多方法能確定轉(zhuǎn)錄本的豐度，包括RT-PCR、EST測序、SAGE和大規(guī)模平行測序等，這其中大部分都依賴3’端的序列。但是對于轉(zhuǎn)錄起點(diǎn)和相關(guān)啟動子的鑒定，5’端特異的特征序列則是表達(dá)譜注釋所必需的。因此，研究人員開始利用CAGE進(jìn)行5’端短序列標(biāo)簽的克隆。

近幾年，新一代測序儀就基因在分子水平如何表達(dá)提供了日漸詳細(xì)的信息。這些基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物揭示了轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)和功能的復(fù)雜度，為了解癌癥及其他疾病的分子性質(zhì)提供了線索。

對于HeliScopeCAGE，研究人員修改了原先的CAGE步驟，以便與HeliScope 單分子測序儀共同使用。與之前的測序儀不同，HeliScope測序儀不采用PCR反應(yīng)來擴(kuò)增DNA鏈，此過程可能會將偏差引入數(shù)據(jù)。相反，HeliScope測序儀真正對DNA鏈本身測序，實(shí)現(xiàn)了高度精確的測定。

RIKEN的研究人員證實(shí)了這種直接方法能減少偏差，為低至100 ng，高至5 μg的總RNA帶來高度重復(fù)的數(shù)據(jù)。白血病細(xì)胞系THP-1和人子宮頸癌細(xì)胞系HeLa之間的比較進(jìn)一步說明，這種技術(shù)產(chǎn)生的結(jié)果與傳統(tǒng)芯片分析的結(jié)果高度相關(guān)。