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Nature Methods:把DNA變成你的工具

日期:2014-07-09 09:08:51

 

EphA2是多種癌癥中的重要受體。日前,瑞典Karolinska研究所的科學(xué)家們使用自制的DNA工具,進(jìn)一步闡明了EphA2的活化機(jī)制。這一成果發(fā)表在七月六日的Nature Methods雜志上。

 

DNA折紙技術(shù)DNA origami)利用短鏈DNA將長(zhǎng)鏈釘住,可使其折疊成為特定的結(jié)構(gòu)。瑞典的研究人員通過這一技術(shù)構(gòu)建了一個(gè)類似卡尺的納米結(jié)構(gòu),并用這一結(jié)構(gòu)檢驗(yàn)了信號(hào)傳導(dǎo)中的一個(gè)重要理論??梢哉f,這項(xiàng)研究所用的方法,和它的研究結(jié)果同樣有意義。

 

有一種理論認(rèn)為,配體之間的間隔距離,影響著相應(yīng)受體的活性水平。為了驗(yàn)證這一點(diǎn),研究人員用DNA積木搭建出了一個(gè)穩(wěn)定的桿狀結(jié)構(gòu),并將其作為能夠精確測(cè)量分子間距的卡尺。

 

“我們將DNA當(dāng)作原料,制造出了實(shí)驗(yàn)所需的工具,”文章的通訊作者Björn Högberg說。“在這種情況下,DNA的遺傳編碼是次要的。”

 

EphA2受體在乳腺癌等多種癌癥中起到了重要的作用,而ephrin是它的配體。研究人員以不同的間距將ephrin定位在DNA桿狀結(jié)構(gòu)上(例如相隔40100nm),形成一個(gè)納米卡尺。然后他們將這種卡尺放到含有乳腺癌細(xì)胞的溶液中,檢測(cè)癌細(xì)胞中的EphA2活性。

 

研究人員發(fā)現(xiàn),在ephrin總數(shù)相同的情況下,如果分子相距緊密,則癌細(xì)胞中的受體就更加活躍。此時(shí)癌細(xì)胞的侵襲性較弱,不易發(fā)生轉(zhuǎn)移。

 

“周圍的配體密集程度能夠影響EphA2的活性,由此我們首次證明了信號(hào)傳導(dǎo)中的一個(gè)重要理論,”Björn Högberg說。“EphA2的作用機(jī)制很重要,而且我們開發(fā)的新方法也很有意義。在此基礎(chǔ)上,人們可以自制DNA納米卡尺,檢測(cè)細(xì)胞在可控環(huán)境中做出的反應(yīng)。”

 

研究人員將這種細(xì)胞通訊機(jī)制比作一個(gè)盲文體系,細(xì)胞能夠通過某種方式感知附近細(xì)胞上的蛋白模式。在這一過程中,蛋白之間的間隔與蛋白的量同樣重要。研究顯示,在蛋白量相同的情況下,簇集的蛋白比稀疏的蛋白通訊更為活躍。

 

“這個(gè)模型告訴我們,細(xì)胞膜蛋白的空間組織形式對(duì)于細(xì)胞通訊非常關(guān)鍵?,F(xiàn)有藥物多半旨在完全阻斷某種蛋白或受體,而這樣的信息將為新型治療策略奠定基礎(chǔ),”文章的另一位通訊作者Ana Teixeira說。“我們應(yīng)該在天然環(huán)境下看待蛋白,因?yàn)榈鞍椎拇丶投ㄎ粫?huì)影響藥物的效果。”